レオン博士が2010年に設立した、ビートファイターAceの秘密基地。秋田市のどこかの地下に人知れず存在している。出入口が市内のあちらこちらにあるという噂もある。意外にもツイッターアカウントを持っている。ツイッター名は“bfs_labo”

元々この研究所は別の目的で途中まで建設されていた地下施設らしい。ハカセがそれを買い取って研究所に造り変えたという。
本来は、音楽とダンスから生まれるエネルギーを高い電力に変換するビートパワーシステムを研究開発することを目的としていたため、名称は“ビートパワーシステム研究所”になる予定だった。
しかし、敵対するAMEDA会との戦いを決意したハカセは、2010年4月に名称を“ビートファイターシステム研究所”として開設。研究所の広告チラシをAMEDA会に送りつけて存在を誇示するかのような行動をとる。これによりBFS研究所とAMEDA会の戦いが始まった。