対シャドウを名目に作られた、一般的に知られる事のない組織。創立は現代より五年前。
S.A.Iに所属する者はペルソナに関わりを持つ者だけである。
正式名称は『Special Agent Investigation』。頭文字をとってS.A.I（サイ）と呼ぶ。
いわゆる秘密組織であり、S.A.Iの名を出す事は緊急事態以外は禁じられている。

• S.A.I本部
• S.A.I捜査部
• S.A.I調査部
• S.A.I研究部
• S.A.Iとは　※旧ページ。参考資料に。

シャドウを生み出す原因となる『灰の霧』を止める事を第一目的。それに関わった一般人の救出も兼ねている。
ペルソナやシャドウについて語るには守秘義務が課されており、一般人には一切知られる事はない出来事である。
プレイヤーはふとしたきっかけでペルソナ、そしてシャドウに関わっていき、S.A.Iの隊員として『灰の霧』事件の解決に身を乗り出す事となる。

『シャドウやペルソナの力が表沙汰になると悪用する者も増えるのではないか？』
そういった考えの下、S.A.Iの組織、並びにシャドウやペルソナについては他言無用となっており、S.A.Iが秘密裏で対応する事が多い。

S.A.Iの隊員として任務をこなす中、灰の霧を取り巻く環境も確実に変化していた。
自然発生と思われてた灰の霧の人為的発生やシャドウ、ペルソナを利用したS.A.I以外の組織の存在・・・。
プレイヤーは様々な事件と赴き、それらと関わっていく。

従来の灰の霧の発生だけでなく、人為的に霧を生み出し何らかの実験や研究を行う組織の存在も見え始める。
また、シャドウと生物の一体化、それによる一般人への認知なども問題として上がっているようだ。
その他にも様々な事例があり、S.A.Iはそれらの対応に追われている。

S.A.Iと警察とは表向き、そこまで大きな協力体制を取ってはいない。
しかし、警察では解決できない事件、たとえばシャドウの行動によって発生し、一般的にはテロ活動とされているような事件を
S.A.I本部に任務要請として入る事もある。
それにより、警察側もS.A.I側に協力し、現場への一般人の立ち入り禁止網やある程度の情報協力をとってくれる事がある。
全国の警察署が全て対応しているわけではなく、警察官全てがS.A.Iを認知しているわけではない。
警察の上官らがS.A.Iと関係を持つ事が多い。

実情は不明だが、本部の司令官である伊庵聡里自身が直接関係を持っている。
そのため、よほどのものでなければ警察との協力体制もあり、ある程度の情報操作は可能。
ただしシャドウや灰の霧とは関係のない事柄に関しては一切関与しない。
万が一、何らかの罪に追われた際、上記の事柄とは関係なければそのまま罪として問われてしまうので注意。

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