灰の霧やシャドウに関する事象に赴き、それを解決するのが主な役目を持つ部署。
本部以外にも各支部にも存在する部署で、ペルソナ使いしか所属していない。

S.A.I本部のページを参考

灰の霧の駆除、シャドウの討伐、その他上記に関わる任務の遂行を主としている。
また、調査部では危険度の高い場所への調査も捜査部が受け持つ事もある。

各KPによるNPCはユーザーページをご参考下さい。