大きな変更は無いが、パイロットカードをスタンバイエリアに移動→イグニッションカード登録→ＡＧＥボーナス加算と言う順番になった。
ＥＢ弾では、イグニッションカード登録→ブーストカード登録→ＡＧＥボーナス加算と言う順番になっただけで、大きな変更は無い。

「機動戦士ガンダムAGE」のガンダムの根幹・AGEシステムを再現したシステム。
データカードダス系おなじみの現行主役機パワーアップシステムであるが、大きな特徴は2段構えになっていること。
ICカードがなくても発動するシステム（基本システム）を、
ICカードを使用して成長させる（成長機構）
２段構えのシステムとなっている。

現在のところ、以下の機体が確認されている。
ガンダムＡＧＥ−１　ノーマル
ガンダムＡＧＥ−１　タイタス
ガンダムＡＧＥ−１　スパロー
ガンダムＡＧＥ−１　ソーディア
ガンダムＡＧＥ−２　ノーマル
ガンダムＡＧＥ−２　ＳＰＶｅｒ．
ガンダムＡＧＥ−２　ダブルバレット
ガンダムＡＧＥ−２　アルティメス
ガンダムＡＧＥ−３　ノーマル
ガンダムＡＧＥ−３　フォートレス
ガンダムＡＧＥ−３　オービタル
ガンダムＡＧＥ−ＦＸ
ガンダムＡＧＥ−ＦＸバースト
ガンダムＡＧＥ−１（トライエイジカラー）
トライエイジガンダム
また、これらの機体を配備させ、かつミッションをクリアしたときのみＡＧＥシステム経験値もたまる（ＢＧ弾まで）。
※ガンダムＡＧＥ−１　フラット、ガンダムＡＧＥ−１　グランサ、ガンダムＡＧＥ−２　ダークハウンド、ガンダムＡＧＥＩＩマグナム、ガンダムＴＲＹＡＧＥマグナムは対象外で、ＡＧＥシステム起動がない＝経験値加算もない。
また、ビルドＭＳ版はすべて対応しない。

「ガンダムＡＧＥ」の主役機群を1機でも配備することで即時発動するシステム。
上記リストに属する全カード（以下、ＡＧＥ系ＭＳと表記）が対象になる。
もちろん、ICカードが無くても発動させることができる（後述するが、各レベルは１で固定）。
HP、アタック、耐ダゲキ、耐ビーム、耐ジツダン、必殺、スピードの７つの項目が存在し、レベル１ではそれぞれ+30される。
※ＩＣなしでも無条件に+30される。
※ビルドＭＳには加算されない

提示されたステータスがアップするのだが、このとき複数のＡＧＥ系ＭＳを配備していると、その機体分で割られた数値がプラスされる。
なので、レベルを上げる以上に、AGEシステムで一点特化するか複数のＡＧＥ系ＭＳを同時に強化するかと言った戦略が求められる。
（例・+50のボーナスを受けたとき、AGE-1を2機配備すると+30。3機配備すると+20。
　+150のボーナスを受けたとき、3機配備していると+50がそれぞれの機体に追加される）
当然、+20とか+30といった数値は誤差の範囲内でしかないため、複数配備時はおまけ的なものととらえてしまってよい。
修正が弱体化したＢ１弾以降（「ＳＰ」）ではなおさらである。

鉄血１弾からは発動時、以下のように計算される。

配備数	ボーナス
１機	全能力+300
２機	全能力+150
３機	全能力+100

※鉄血弾から廃止※
ICカードを使用して発動させるシステム。
ミッションクリアの内容・撃破した隊長機に応じてそれぞれのデータ（ＥＸＰ）が蓄積され、
一定の値に達するとAGEシステムがレベルアップし、基本システムの上昇値が強化される。
※無印弾の「全ての敵を倒せ！」ミッションでは、敵３機すべてに対して加算。
　Ｚ弾以降の「全ての敵を倒せ！」ミッションでは通常のミッションと統一され、代表１機のみとなった。
　基礎経験値は初配信時のものを使用しクロニクルセレクション・「ＳＰ」でも変更はない

ＡＧＥシステムはあくまでシステムであり、
ＡＧＥ系ＭＳさえ１機でも出撃させていれば、ノーマルとタイタスを出した場合でも、ノーマル3機でも、ＡＧＥ−１とＡＧＥ−２混在でも、そのミッションに応じた経験値がミッションクリア時に加算される。
ミッションの難易度・倒した隊長機によってもらえるデータ（EXP）及びその値は異なる。
※ただし、経験値加算はミッションクリアが条件となるので注意。
負けてもチューンアップされるビルドＭＳシステムと違い、敗北すると成長もしない
これにより、ガンダムAGE系ＭＳは今まで以上に人によって育ち方の違うMSとなる（限界値こそ決まっているが）。
機体レベルとは両立される（こちらは今まで通り機体ごとに加算される）。
このため、特に無印弾からのＧコマンダーにとっては愛着が深く、信頼性のある機体としている者も多い。

ミッションごとの上昇値に関してはＡＧＥシステム経験値別ミッション一覧を参照のこと。

基本システムと同様、７つの能力が設定。それぞれに対して経験値をためる。
貯まってレベルが上がることにより、それぞれのステータスの基本上昇量が上がる。
6弾時点で最高レベルはレベル10までである。
各能力共通で次の通り。

レベル	次レベルまでの経験値	上昇量
1	20	+30
2	100	+60
3	150	+90
4	270	+120
5	360	+150
6（1〜2弾：MAX）	540	+180
7（3弾：MAX）	720	+210
8（4弾：MAX）	900	+240
9（5弾：MAX）	1100	+270
10（6弾：MAX）	なし	+300

ＡＧＥシステムレベルが最大になった場合でもミッション終了後の画面でもＡＧＥシステムの経験値画面自体は表示される。
普通は意味がないが、確認・検証には有利かも。その間に手に入れたスター数の確認でもしてしまおう。

上昇する値はミッション難易度に依存する。
難易度の高いミッションであるほど獲得量も大きい。
各ミッションでの取得経験値はミッションのページ等で。

・ルーレット・トライチャージ
・レアリティブースト