■Jadでサブディレクトリまで逆コンパイルする方法
※逆コンパイルされたソースが、すべてカレントディレクトリに作成されてしまうことに注意
jad **/*.class

■ディレクトリ構成を再現して、逆コンパイルする方法
jad -sjava -r **/*.class

• sjava⇒出力ファイルの拡張子をjavaにする。
• r 　 ⇒カレントディレクトリ以下に、パッケージ構造のディレクトリを作成する

参考
http://www.kpdus.com/jad.html
http://home.f02.itscom.net/soukyoku/jtips/jad.html