目的とする遺伝子とその中に余分な配列を介在させた遺伝子のコピーとを組換えることにより、その遺伝子を破壊する操作。作成した遺伝子断片を細胞に導入すると、選択に目的とする遺伝子の組み換えが起こり、機能的な遺伝子と非機能的な遺伝子が交換される。