特定のボタンを押しながらDS-Xを起動することによって、以下のようなブートを行うことができます

以下でいう「DSメニュー」とはこの画面のことです

DS本体で起動設定を「オートモード」にしている場合は「警告-健康と安全のために」の次へ進むタイミングがブートセレクトのタイミングとなります

PassMeモード

SC・EZF4・eWin2等と併用することでPassMeとして機能する。
DSメニューでSELECTを押しながらDS-Xを起動するとPassMeモードに突入

GBAモード

DSメニューでSTARTを押しながらDS-Xを起動するとGBAモードに突入
使い道としては、DS本体の設定を「オートモード」にしていると本来ならDS(SLOT-1)とGBA(SLOT-2)両方挿しているとDSが優先して起動されるところが、電源ONしてSTART押し続けることでGBAを優先して起動することが出来る
最近Simple GBA Mode Switcherが公開されたが、DS-Xには元々この起動モードがあるので不要かも

Instant Boot回避

DS-Xの設定でInstant Bootを設定している場合、前回起動したアプリを自動起動させずにDS-XのOSを起動させるためにはAボタンを押しながらDS-Xを起動するとよい

Default Skinへ復帰

※これはファームウェア1.1.0からの新機能です
ファームウェア1.1.0からスキンの選択をSettings>Select Default Skinで設定できるようになった
初期設定では

• [System Default]（システム領域に記録されているOS標準のSkin2.0、フォント固定）
• [DS-X Skin 1.0]（OS1.1.0上で1.0.2までのスキン風のUI、フォント差し替え可能）
• [DS-X Skin 2.0]（OS1.1.0以降で採用された新スキン、フォントを差し替え可能）

の3番目の「DS-X Skin 2.0」がデフォルトに設定されているが、これを1.0のスキンに変更した場合、スキンの切り替えや「DS-X Skin Apps」の起動ができなくなる

この場合Bボタンを押しながらDS-Xを起動すると[System Default]のスキンで起動することができるので、再び[DS-X Skin 2.0]を選び直すことによって次回起動から再びSkin2.0で起動することが出来る