AviUtl
とても有名な定番無料動画編集ソフト。
プラグインさえ入れれば大抵の形式のファイルは入出力できる。
情報も豊富で、使い方に困ったときはググれば大抵解決する。
mp4や透過情報付きAVIはもちろんのこと、連番pngを動画ファイルとして読み込ませることも可能。
AnimeEffects上で作成した複数のアニメーション素材を連番pngで出力し、
AviUtlに読み込ませ、素材を組み合わせて動画を作るのが主な使い方となるだろう。
GIAM
GIF作成ソフト。AnimeEffectsのgif出力は自由度が低いため
軽量、高画質を目指したい場合などはこのソフトに連番pngを読み込ませるのがよいかもしれない。