基本的には、安い本を適当に買えばOKです。
以下は個人的にピックしたもの。

PC98アセンブラプログラミング入門 CQ出版
私はこれで始めたのですが、多少前提となる知識が必要だとおもいます。
これ一冊で表参道アドベンチャーや南青山アドベンチャー風のサンプルは作れましたが、プログラミング初心者にはきついかも。

MASMトレーニングマニュアル JICC出版局
初歩から書いてある入門書ではこれが癖がなく良さそうな気がします。

はじめて読む8086
食わず嫌いして持ってませんでしたが、100円で買ってみたら素晴らしい入門書でした。
初歩から詳しく書いてある上に入手しやすいので、おすすめです。
ただ、ms-dos系の情報は抑え目で、デバッガを使うのがメインな事はやや注意。
PC98に限らず8086アセンブラを初歩からしっかり理解するための本です。

PC-9801　機械語プログラミング500題
機械語命令＋サンプルコード＋例題　のセットを繰り返すことを通して8086の命令を学ぶ本。
某ｘ86入門サイトに近い構成だが、書籍の分見やすいかも。
サブテキストとしてはあり。

なお、PC98アセンブラ入門書の多くはMASM5以前のものですが、基本的にはそれで十分使えます。

PC9801 スーパーテクニック
用途に応じたサンプルコードが〇。

8086マシン語秘伝の書 哲学出版
マシン語独特のテクニックについて、たまに参考になることがあるかも。

MASMへの旅 PSP出版
全編にわたってひたすらマクロの本。
ただし、MASM5なので微妙に古い。

速習MASM　山海堂
実践PC-98アセンブラ入門　技術評論社
アセンブラ初心者向けの本ですが、常駐プログラムの作り方や改造方法が書いてあったりします。

MS-DOSレジデントプログラム入門　技術評論社
アセンブラではなくC言語を使った常駐プログラム開発の本です。

トラ技コンピュータ1992-7　TSRプログミング入門
C言語メインの常駐プログラムの解説。
PC98の割り込みベクタなどの説明もあって一番98してる気がします。

マシン語サウンドプログラミング ASCII
FM音源を一通りいじる方法と、ドライバについてが載ってます。

FM音源スーパーサウンドは高すぎて持ってないので、評価できません。
というかFM音源関係の本はどれも高すぎだと思います。

マシン語ゲームグラフィックス 小学館
グラフィック関係専門でEGCを扱ってるのは少ないので、サンプルが充実してることからも多分これが一番。
他の本の多くは、GDCかGRCG、下手をするとBASICだったりします。

プログラマーズBible 技術評論社
参考書として非常に便利だが、サンプルが最低限なのがネック

UNDOCUMENTED9801 システムソフト
内容は詳しいが、サンプルがないのでわかる人向け
ネットでフリー公開のvol2は入手が一番楽

PC9801スーパーテクニック ASCII
機能を絞っているが、したいことが載っている場合はかなり便利。
本は最低限の説明で、付属のフロッピーにしか詳しいサンプルが載ってないので注意が必要

98ハードに強くなる本2
新版テクニカルデータブック ascii
どちらもハード関係の情報とBIOSにそこそこ強いです。
特に98ハードに強くなる本2のメモリマップ情報は非常に詳しく、その部分だけは飛びぬけてます。

トランジスタ技術SPECIAL45 PC98シリーズのハードとソフト
回路系と絡めた全体の説明はこの本くらいかと、
高い値段を出すほどではないと思いますが…。

80x86/80x87ハンドブック ナツメ
命令一覧の辞書として便利。

x86/87の本は他にもあるみたいですが、私はこれしか持っていないので…

V30プログラマーズリファレンス BNN
V30の独自命令のニモニックとオペコードが載ってる本はかなり珍しく、情報も見易い。
一応8086解説本として使うことも可能。
8086とV30のクロック数情報もあったりする。
The Macroassembler とかいうのがV30命令対応アセンブラらしいので、使って記事も書いてみました。

入門書系の本には大抵割り込み一覧とかが載っています。
エスケープシーケンスもある程度の本には載っています。
他の項で挙げていない本でお勧めは
MS-DOSデータ活用ハンドブック　技術評論社
でしょうか。
割り込み一覧、BIOS、エスケープシーケンス、8086命令セットなど、小さい本にある程度のプログラムを作るのに必要な情報が集まってます。
MS-DOS活用ハンドブックというものもあるらしいのですが、そっちは持っていないので…。

古典的人気のアスキーのMS-DOS三部作は入門とかプログラムの作り方も含めた内容なので、そういうのが欲しい人向けかと。

MASMver.6ハンディマニュアル ナツメ
マニアックな機能を知るならこれしかなさそう

8087プログラム集上下　誠文堂
BASICとFortranから呼び出す為のマシン語プログラムが幾つもの課題に分けて載っています。
分数計算など簡単な物から、log計算や逆三角関数などホビーユースでは要らないものまで。
386以前ではコプロが必要ですし、これを科学計算以外で使う必要があるのか疑問ではありますが…

他にもx87の本はいくつかありますが、持ってないので…

MASMパワープログラミング 翔泳社
文字列操作や各種データ構造、多倍精度小数演算などについての本なら多分これ一択ではないかと。

新版テクニカルデータブック ascii
テクニカルデータブック　BIOS DEVICE編
最後の方にタイミングチャートが載ってます。
BIOS〜には拡張カードのプラグアンドプレイ仕様についての文書があり。


トランジスタ技術special no3 CQ出版
トランジスタ技術special no19 CQ出版
開発例とタイミングチャート、デバイスドライバの例など。

インターフェース　93-7
これもトラ技と同系統な感じ。