まず男性客は店内に入るための「入場料」を支払います。
マジックミラー越しに女の子がいるのでお目当てを探します（向こうからは見えない）。
お気に入りが見つかったら店員に伝えて直接話ができる個室を案内してもらいます。
そこで話をしてデート内容に了承してくれれば一緒に外出です。
出るときにも店にお金を支払います。

これだけ見るとさほど問題はなさそうですが、詳しく見ていくと。

・18歳未満の女の子がいる場合がある
こういった男女の出会いを仲介するものにたいして通称「デートクラブ条例」というものが各都道府県にあります。
そこでは18歳未満の利用を禁じています。（※1）

・デートと言っても結局は援助交際（性行為）であることがほとんど
もちろん食事のみ付き合ってもらえればＯＫという客はいますしが、大部分はホテルにいって性行為という流れです。
これは「売春行為」と思われても不思議ではありません。

・女の子を連れ出す際に渡す交通費
店に支払う料金以外に交通費として女の子に支払うケースがありますが、その金のやり取りが18歳未満の利用を禁止している「デートクラブ」にあたるとして摘発されたケースがあります（※2）

出会い喫茶は店内の女の子と雇用契約や請負契約などは交わしていません。風俗店と風俗嬢の関係とは違います。
名目上は「無料で漫画喫茶を開放している店」と「暇つぶしに来ている女の子」という関係です。
男性が料金を払うのは店に対してであり、その料金が女の子に渡ることはありません。
なので「対価を伴った交際」を仲介しているわけではないので一応問題なしと解釈しているのです。

女の子が対価を得るのは、店外で男性から受け取るものなので店は直接関与していません、この点も抜け道の1つです。
この対価は女の子自身が自分の価値から決めます、性行為などであれば2〜4万くらいが多いようです（※3）。
そして女の子は店の従業員でもないので外で性行為を含めてなにをしようが店は関係ない、という立場でいます。

ここまででもグレーゾーンらしきポイントはありましたがもう少し説明を。

店と女の子の関係は雇用関係などではなく、無料で場を提供している店とそこにやってきた客ですが、店は女の子のプロフィールなどを用意していることも多くあります。
このように女の子の情報を管理して客に提供しているのは問題がないとは言えないでしょう。

カップル？が成立後に一部店舗で男性から女性に支払われる交通費。
普通のデートなどでも男性がマナーの1つとして支払うものと同様であり強制ではない、という店の言い分もありますが…システムの一部と考えるほうがすっきりするような。

買春・売春の交渉が店内で行われているが放置。
店は直接その交渉に関与はしていないし、その対価も受け取ってはいないが、その場を恒常的に提供しているのはやはり問題があるような。

※1デートクラブ条例
※2出会い喫茶は「売春の温床」？　「交通費」名目で女性に金渡す
※3出会い喫茶いったことあるやついる？