当Wikiの掲示板に寄せられたよくある質問をこちらのページにまとめておきました。
掲示板に書き込む前にこちらのページに解決方法があるか確認していただけると嬉しいです。

コントロールツールは管理者権限で実行する必要があります。
（コントロールツールはProgram Files内のデータを編集するため管理者権限が必須になります）
管理者権限で実行するには setting.exe を 右クリック → 管理者権限で実行 と選び実行します。

またFlashコメントジェネレーターの設定データがキャッシュとして保存されている場合も正しく設定が反映されない場合があります。
キャッシュについてはキャッシュ問題についてのページをご覧ください。