弾幕要塞は高火力で爆風も強く安定性が高いためなかなか防御をするのが難しい。
基本は速攻で防御を壊されないうちに倒す、または相殺で粘るのどちらかである。
最近では空爆を避けるためにコアを前気味にする（壁玉で言うとX１１４やX１７４）要塞が出てきている。
他に特殊型に防御と回復という手もあるが少数派であり要塞タイプも限られてしまう。
速攻型でもいくらかの相殺を入れることで持久力が上がるが、薙でガチガチにした方が強いこともある。
パターンによって使い分けることが必要である。

• 弩弾幕

上空からの攻撃に対してはこちらも弩弾幕を張るのが一番手っ取り早い。攻撃側の弾幕に対して少ない弩弾幕でもかなりを相殺できる上に値段も安い、余った資金で少しだけ弾幕を張るだけでもだいぶ違う。薙防御をしている場合でも薙のダメージを軽減することができるので効果的である。
正面に弩弾幕を張る場合も値段に対して効果が高く攻撃も兼ねるのでよいのだが、中段コアでは防御する範囲が広すぎ、上段コアでは空爆防御の方が重要のため二の次になることが多い。下コアではとても重要、特に核先当て型では弩の角度によって強さが変わるほど。上方に飛ばす以外の場合、角度や高さの調節で戦弾幕対策にもなる。弾幕の張り方については弩弾幕を参照。

• 連弓凹防御

弓玉を参照

• 弾弾幕

弾弾幕を参照

• 銃玉

この防御は主に下段コアの弾幕型で使用される。銃玉を要塞の床上に1度に向けて配置し、要塞前端を狙う核玉をそれで相殺する。

• 迎玉

ピンポイントのレーザーで飛んでくる弾をひとつずつ相殺する玉。大量に配置すれば弾幕にも相殺力があるが、攻撃に全くならないため弾幕の相殺用としてはあまり使われない。大抵は核の直撃を防ぐために配置されており、弾幕の相殺はついである。下段コアで先当て核の迎撃に使う場合、少し角度を下に向けておくと正面弾幕への反応は悪くなるが、その分核の迎撃率をあげることが出来る。上段コアでは、打ち上げ核を当てられやすい壁玉バリア下部を守る役目として使われる。性能の割にはあまり評価されていない玉なので防御を考えるときに試しに使ってみるといいかもしれない。

• 査玉

レーザーでまとまった数の弾を一気に相殺する。200円という値段と比較しても性能は非常に高いのだが、迎玉と同じように攻撃にほとんどならないため、査玉を採用すると火力が落ちることが多い。防御主体であれば有用であるが、それ以外では火力の穴を埋めるのが難しい。2つ以上配置しても効果はあまり変わらないため、対人戦では2つ以上使われることはほとんどない。流行によって急に人気が出たり全く使われなくなったりする。最近は聖贄査要塞のおかげか人気が出つつある。
弾幕相殺用としては連続弾幕に対しては効果が高いが、クロス弾幕はある程度までしか防ぎきれない。他にも弾や弩などに騙されてあさっての方向に飛んでいってしまうことがある。攻める側としては査玉を騙すような弾幕を作っておきたい。

乗り込み防御の要塞壁や乗り込み壁の配置を調整し、壁玉のバリアの凹みを防御するようにおくことで、砲弾やミサイルの爆風によるバリアの停止を防ぐことができる。壁玉の正面の凹みは砲でもあまり突き抜けないので、そこ以外に置くといいかもしれない。
タゲ防御の場合はなるべくバリアの内側に置くようにすると効果的である。
乗り込みの空爆防御の場合はバリアの凹みを守ると言うよりも激突後にバリアを回復し維持することを主に考えた方がよい。

• 薙玉10ずらし

薙玉は行動間隔が20で行動時間が8であるため、2つを交互に行動するようにすれば8割ほどの攻撃を相殺することができる。さらに乗り込み防御もかねるため、少ない費用で守りたい場所をで効果的に守ることができる。爆風は防ぎきることができず薙玉はダメージを受けてしまうが、直接攻撃を受けるよりもずっと少ないダメージですむ。超速効型（新幹線や魔玉主体の副砲型）は弾幕を張らず薙と壁玉だけで守ると良い場合もある。
攻撃側からすれば薙で守っているところは爆風で崩していく必要が出てくる。
現在の大会などでの対戦向け要塞ではほぼ必須の戦術。大抵が2連薙であり、間隔はx座標10が最も良いとされている（参考URL参照）が、乗り込み防御などでは3連にした方がよい場合もある。3連の場合はX座標で７間隔が最適である。
参考URL（邪魔しま研究所「３連薙は２連薙よりも費用対効果が悪い」）
http://www.jama4man.com/gekitotuyousai-plus/room.h...

• 癒玉、繕玉

癒と繕による回復で弾幕によるダメージを軽減、または無効化しようというもの。
この方法を使う場合に留意しておきたいのは、　回復量が意外と少ない、ということ。
各玉とも1しかないので、回復に頼って防御を疎かにすると一瞬で崩れてしまう。
基本的には上記の2連薙や相殺弾幕等を併用すること。
ただし、長期戦になれば確実に相手より優位に立てる上、単純に防御力も上がるので一考する価値は十分にある。
中段では核への耐性が飛躍的に上がる。

• 壁玉

壁玉は大会などでの対戦向け要塞では多くの型で使用されている。壁玉は特性上最適配置があり、一般的にはそれを使用する。
壁玉は時々防御に隙ができるので、ここで相手に攻撃されると防御を崩される可能性が高くなる。また、バリアを張っていても凹み部分からは爆風が刺さってしまう。そのため、薙玉や相殺のための弾幕などにて防御を増強し、防御を崩される可能性を少しでも少なくすることが重要である。
多くの場合壁玉は1体であるが、防御重視の要塞では複数使用されることがある。
乗り込み型や突撃型などでは、場合によって壁玉の代わりに界玉が使われることがあり、また、費用対効果の関係もあり壁玉と界玉が同時に使用されることは少ない。

• 界玉

前述の通り乗り込み型や突撃型などでは、場合によって壁玉の代わりに界玉が使われることがある。
界玉は費用対効率および玉の特性(界玉は2体以上で効果を発揮する)の関係で2体使用することが基本になる。なお、一般的に界玉は要塞の前方向の防御に使用される。
界玉の防御は連続的であるが、爆発系の攻撃を防御する際、弾は止められるが爆風は通過することに注意しなければならない。弾幕要塞には大抵爆発物が混ざっているので、現実的には壁玉より遥かにやられやすい（ただし結界を広く張れるためターゲッティングには強い）。
なお、界玉がダメージを受けると一瞬防御に隙ができる点も要注意である。
界玉防御を使用する場合、薙玉や木壁などを使用して界玉へのダメージを軽減することでより強い防御となる。

忍玉はあまり気にする必要はないと思っている人もいるかもしれないが
無対策のところを後ろから狙われると部隊は崩壊してしまう。
かといってあまり資金をかけるのも問題である。
なので他の対策をかねて忍玉対策をすることが多い。

下コアの後方を木壁で守る場合、台にくっつけるよりも最下からの忍玉（角度0）をｷﾞﾘｷﾞﾘ防ぐY=333に置くと良い。
縦16ドット分防御範囲が広がる。例000ruBp008Gn　　
剣玉をつけたものもある　例000ruBp008Gn39JOWk　この場合広範囲守れる(木壁が崩れるとシールドシャッター同様下に落ちて守る)

上段コア(主に空爆)でよく使われる方法。後ろからの導もある程度防ぐため，乗り込み防御も兼ねる。(図は上が2連薙、下が剣での相殺)

乗り込み防御の落下傘と組み合わせるもの。費用効率が良いが，忍の角度によっては落下傘が発動してしまい
意味がなくなることもあるので注意。

同じ忍玉で相殺するもの。こちらは後方攻撃を兼ねる。角度は180度が無難。

忍玉が投げてきた手裏剣を反射して相手側にぶつけてダメージを与えられる
しかも二連続で来ても相殺してくれる
この防御方法だと乗り込みのが来ても
導ミサイルは跳ね返り相手のコアの方行へ飛んでいったりと
なかなかいいが、高い(６０円)使うときにはよく考えて使わないと火力が落ちたりもするので注意