チラ裏避難所

本作はサンライズ第9スタジオが「新しい世代に向けた、新たなスタンダードとなりうるガンダム」「新世紀（21世紀）のファーストガンダム」「原点回帰」を目指し制作された。ガンダムシリーズでは初のデジタル制作によるVTR映像のテレビシリーズである。
タイトルには「種子」以外に「遺伝子操作」や「発端」という意味も含まれており、さらに頭文字のSには「ガンダムズ」の意味もある。なお、ガンダムシリーズの通例になっていた主人公の搭乗機＝タイトルの法則にはなっておらず、その代わりに「SEED」と略記される未知の突然変異遺伝子の設定を反映している。また、サンライズの宮河恭夫とバンダイナムコゲームスの鵜之澤伸の案によって、サンライズ原作のガンダム作品で初めてタイトルに「機動戦士」の冠語がつけられた。
過去の作品で複数のガンダムが敵軍・自軍に分かれて登場したのと同様、本作でも10機以上のガンダムが登場するが、本作の劇中では「ガンダム」という言葉を主人公のキラ・ヤマト個人が自らの搭乗機に名付けたペットネームとして描いており、彼の搭乗したストライクガンダムとフリーダムガンダムに対して「ガンダム」と呼称された以外では、この言葉を劇中で用いていない。
映像ソフトは2003年3月28日からVHSビデオカセット版とDVD版の2種で全13巻がリリースされ、DVD版は累計140万枚以上の売り上げを記録した。2010年2月23日にはTV全50話のDVD-BOX、2011年2月25日には続編とスペシャルエディションの全作品を含めたDVD-BOXが発売された。
プラモデルや関連グッズ、同時期にメディアミックスで展開された『機動戦士ガンダムSEED ASTRAY』や『ガンダムSEED MSV』も人気を博した。2004年に東京アニメアワードでアニメーションオブザイヤーとテレビ部門の優秀作品賞の2冠を受賞している。また、角川書店の『月刊ニュータイプ』2006年9月号で応募・集計された「最新最強ベストアニメ100」では、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』と共に第1位に選ばれた。
従来のガンダム作品の版権管理は創通とサンライズが共同で管理されていたが、本作より製作局である毎日放送もそれに加わり、著作権表示は「©創通・サンライズ・毎日放送」「©2002 SUNRISE INC」だった。2010年以降は毎日放送が外され、SEEDシリーズの版権管理は従来通り2社での管理に戻る。
デジタル放送に移行してからの2011年10月に「HDリマスタープロジェクト」を発表。『機動戦士ガンダムSEED HDリマスター』としてリメイクされ、同年12月23日からのウェブサイト上インターネット動画配信を皮切りに、翌2012年1月1日からは衛星放送のBS11系列、1月3日からは地上波放送のTOKYO MX系列の2局でデジタルテレビ放送が、3月23日からはBlu-ray BOXシリーズがリリースされている。

監督の福田が公式サイトのインタビューにおいて2004年9月25日付で語るところによれば、『ガンダムSEED』シリーズ第1作は、「キラとアスランを主人公に据えて『非戦』というテーマを描いた」とのことである。また、同年12月10日に同インタビューで、2作目『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』についてエグゼクティブプロデューサーの竹田青滋も、「前作から引き続き非戦ということを訴え続けるつもりである」と述べている。
加えて竹田は、「再選を果たしたアメリカのブッシュ大統領がファルージャでの掃討作戦を展開し、ますます混迷を深めるイラク情勢」についても述べ、『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』を観ることで「視聴者が世界情勢を少しでも自分の身にひきつけて考えてもらえるようになれば」とも語っていた。

C.E.70年、プラントと「地球連合」において発生した戦争は農業用プラント・ユニウスセブンに核ミサイルが撃ち込またことで激化。物量で勝る地球連合軍の勝利で終わると予想されていた戦争は、膠着状態によって11か月が経過した。
C.E.71年、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、中立国オーブのコロニー・ヘリオポリスで平和に暮らしていた。しかし、このコロニー内では連合軍による5機のMSの開発と新造戦艦の建造が極秘裏に行われており、その情報を得たザフトのクルーゼ隊は独断で奪取作戦を開始する。日常は一変しコロニーは戦場へと変わり果てた。キラは逃げ惑ううちにMS工場へと辿り着き、連合兵とザフト兵の激しい銃撃戦に鉢合わせしてしまう。その中には、幼少の頃の親友のアスラン・ザラがいたのだった。
思わぬ場所でキラと再会したアスランは、戸惑いながらもMS「イージスガンダム」を奪取。キラは居合わせた連合の技術士官マリュー・ラミアスに促されるまま、残された機体「ストライクガンダム」に搭乗し脱出を図る。しかし、待ち構えていたクルーゼ隊のMS・ジンとの戦闘に巻き込まれてしまう。最初はパイロットですらないマリューがアスランとの銃撃により腕を負傷した状態で操縦しており、徐々に窮地に追い込まれていくも、キラは絶体絶命の際に強引に操縦を代わり、未完成だった機体のOSを瞬時に書き換えるという離れ業をこなし、ジンを撃破する。
キラは無事脱出していた友人達と再会するが、戦闘はまだ続いていた。ストライクガンダムはキラにしか扱えないことから、マリューはコロニーからの脱出を成功させるためにも彼に出撃を要請する。キラも友人達を守るため、否応なくストライクガンダムに搭乗し、ザフトと戦っていく。宇宙での戦いを経て地球に降下し、連合軍の本部であるアラスカを目指すアークエンジェル。
だが、降り立った地に待ち構えたアンドリュー・バルドフェルドをはじめとする敵との戦いとそれによって知った絶滅戦争への可能性から、キラは次第に戦争に対する疑念を感じ始める。また、アスランも戦場にてオーブの姫であるカガリ・ユラ・アスハと出会い、衝突しつつも和解。プラントへの核攻撃やその報復として地球に投下されたニュートロンジャマーを始めとする負の連鎖を語り、次第に惹かれあって行く。その一方で、クルーゼ隊の隊長であるラウ・ル・クルーゼはザフト強硬派でありアスランの父でもあるパトリック・ザラと接近していく。
地上においてザフトとの攻防を繰り広げるアークエンジェル。その最中にアスランたちとの戦いでブリッツの搭乗者であるニコル・アマルフィが戦死。キラとアスランの関係に亀裂が生じ、激戦の末にストライクとイージスは相打ちとなる。キラやその仲間であるトール・ケーニヒらを失いつつもアークエンジェルは連合軍本部であるアラスカJOSH-Aに到着。一方、アスランとの激戦で負傷したキラはマルキオ導師の計らいでプラントの有力者の令嬢ラクス・クラインの元にいた。この時プラントの内政はパトリックが実権を握るに至っており、彼は大作戦「オペレーション・スピットブレイク」を地球連合本部を一網打尽にする掃討作戦へと強行した。仲間がいるであろうアラスカ攻撃の報せを受けたキラはこれに動じ、それに呼応したラクスはザフトの最新鋭モビルスーツである「フリーダムガンダム」(フリーダム)をキラに託す。
アラスカはザフトの総攻撃によって壊滅の危機にあり、これに違和感を覚えたムゥ・ラ・フラガは、成り行きによって地球連合軍(大西洋連邦)が超兵器「サイクロプス」を用いてザフトの地上軍攻撃と、組織内の不用者の処分を兼ねた自爆作戦を画策していると知る。ムゥから伝えられたマリューはこれを知り脱出を試みるが、ザフトの追撃が厳しく窮地に追い込まれる。そこへフリーダムを受け取ったキラが降り立ち、アークエンジェルを救援。マリューから内情を聞かされ、連合ザフト双方の兵員に撤退勧告を行う。だが、サイクロプスは起動しアラスカは崩壊。脱出に失敗した双方の兵員から莫大な死傷者を発生させる。これに業を煮やしたザフトはオペレーション・スピットブレイク本来の目標であったパナマを攻撃するが、戦争はエスカレートし、投降者までも殺害する絶滅戦争へと突入していく。
プラントではアラスカの作戦失敗の責を問われたパトリックが、ラクス・クラインのフリーダム強奪協力を理由に対地球穏健派議員を拘束。さらにはアスランに新型モビルスーツ「ジャスティスガンダム」(ジャスティス)を受領させ、奪取されたフリーダムとその目撃者の抹殺を命じる。こうした一連の流れで指名手配を受けていたラクスの父、前議長シーゲル・クラインは銃殺され、逃げのびたラクスも地下に潜伏しプラント市民へ反戦放送を行う。また、ラクスはアスランと遭遇し、彼に戦いの正義を問いかけるのだった。
アラスカからの脱出に成功したアークエンジェルは友軍を犠牲にする連合軍の戦いに疑念を感じ、オーブへと落ち延びる。だが、そのオーブも連合軍の軍需産業複合体のトップであるムルタ・アズラエルの謀略によって侵攻が開始される。自国戦力やフリーダムや修復されたストライク、味方となったバスターガンダム(バスター)、ラクスの問いかけとカガリの存在からザフトを離反したアスラン、ジャスティスらによって連合軍と激突するオーブであったが、防衛戦は突破されていき、オーブは残存兵力の一部や後継者であるカガリらを戦艦クサナギに載せて脱出させた後、戦場となったオノゴロ島を自爆。オーブの権力者であったウズミ・ナラ・アスハたちがここで死亡する。
宇宙へと脱出したアークエンジェル、クサナギはプラント国内でレジスタンスと化していた穏健派(クライン派)のエターナルとも合流(三隻同盟)。廃棄されたコロニー地帯メンデルに潜伏するが、ザフトのクルーゼ隊やアズラエルを擁する連合軍のドミニオンに追撃され、一進一退の攻防を繰り広げる。キラはそこでメンデルが自身の故郷であること、その出生の秘密やクルーゼとの因縁を知る。また、クルーゼは自身の出生から世界を憎悪し絶滅戦争へ誘導していた事が判明する。クルーゼの計らいもあり、一連の戦いで核分裂技術の再利用を可能にするニュートロンジャマーキャンセラーを入手したアズラエルは、これを核ミサイルに転用するよう強行採決。ザフトの前線防衛基地の一つであるボアズが、核攻撃によって陥落し、ザフトは防衛線を本国コロニー近隣の衛星要塞ヤキン・ドゥーエまで後退させる。
これに激怒したパトリックは最終兵器であるジェネシスの使用を決断。プラント本国への攻撃のため、核ミサイルを携え攻め入った連合軍、そして戦闘の停止を望む三隻同盟との三つ巴の戦いが開始される。ザフトはジェネシスの一斉射で地球連合軍を薙ぎ払い、さらに追撃で月面の連合軍基地であるプトレマイオス・クレーターを破壊。さらに次の照準を地球に定める。これに激怒したムルタ・アズラエルはプラントへの再核攻撃を命令するが、武力介入した三隻同盟によってこれが阻まれる。そして激戦の末、アズラエルは乗艦ドミニオンとともに死亡した。
それでも地球への照準を止めないジェネシスを停止させるために戦うキラの前に、ザフトのモビルスーツ「プロヴィデンスガンダム」(プロヴィデンス)とクルーゼが立ちはだかる。フリーダムとプロヴィデンスは激突し、クルーゼはキラに人類の負の側面を訴えかけるが、キラはこれを退けプロヴィデンスを撃破。爆発に飲み込まれ、フリーダムが大破する。時を同じくしてジャスティスの自爆によってジェネシスも破壊された。また、時を同じくしてザフト内ではパトリックが部下に射殺され、こうした混乱に乗じて拘束されていた穏健派議員が連合側に対し停戦を呼び掛ける。
クルーゼとの戦いで傷ついたキラは宇宙を漂う。そこへ脱出に成功したカガリとアスランが、ストライクルージュに乗って彼の元へ向かった。

2002年に放送開始した『機動戦士ガンダムSEED』(以下、『SEED』)であるが、企画は2000年の10月には既に存在したという。監督である福田己津央はインタビューにおいて、従来のガンダムシリーズからよりターゲット年齢層を下げた作品を意識したと語っている。また、ウルトラマンシリーズや仮面ライダーシリーズが時代ごとにその都度に合わせた作品作りをしていたことや、ガンダムシリーズそのものが既に『機動武闘伝Gガンダム』のように新機軸の作品が存在したことから、『機動戦士ガンダム』との共通項を持ちつつも時代に合わせた作品を作る方針になったという。また、福田は後年のインタビューにおいては9.11テロの影響を受け、米軍の中で戦うイスラム兵士というコンセプトから『SEED』の主人公像を形成したと語っている。登場するメカニックが電力駆動するという設定は福田がかつて監督を務めた『GEAR戦士電童』の影響があり、ガンダムという機体の扱いに関しては、搭乗するキャラクターの象徴としての側面を重視したという。また、福田は製作にあたっては自身が以前に監督を務めていた作品である『GEAR戦士電童』から継続したスタッフで固めていたことと、当時サンライズの社長であった吉井孝幸とMBSのプロデューサーである竹田青滋が環境作りに尽力し、『SEED』のヒットを支えたと語っている。
また、本作放送当時にバンダイにてプラモデル担当として携わった狩野義弘はインタビューに際し、メカニック展開において5体編成のガンダムが登場した点に関しては『新機動戦記ガンダムW』の影響によるものだと語っている。
一方で、設定を担当した森田繁はインタビューに際し、直前に放送していた『∀ガンダム』が商業的に不振に終わったことから、より商業的な成功を重視するよう各方面からの圧力がかけられていたと語っている。また、製作当時ガンダムのホビー人口におけるファン年齢層が上がっていたことを受け、本作では小中学生への訴求を重視するようオーダーがあったという。なお、『SEED』ではコーディネイターとナチュラルという遺伝子による対立構図が描かれたが、この発案はプロデューサーの竹田青滋だという。また、森田は『∀』の製作途中に『SEED』の企画に参加し、『∀』がSFとしての色合いから裏設定が増えたのに対し、『SEED』では監督である福田からは映像での描写に説明付ける設定制作を依頼されていたと語っている。また、アフレコの現場で設定面の監修も行っていたことから、自らの所有する脚本に加筆しながらガヤに専門用語を入れていたとしている。
設定製作を担当した下村敬治はコラムにおいて、当初は『ガンダムSAGA』というタイトル案も存在したとしている。また、打ち合わせの際には『海底軍艦』や平成「仮面ライダーシリーズ」といった特撮作品や、『機甲戦記ドラグナー』の話題がたびたび見られたという。
世界観設定を担当した吉野弘幸はインタビューに際し、『SEED』は複数あったガンダム次回作の企画書から福田たちが提出したものが採用された。シナリオの製作においては大河ドラマや少女漫画の影響が存在したと語っている。
プロデューサーを務めた古澤文邦はインタビューに際し、作品名の本決定以前には10体のガンダムが登場することから「ガンダムズ」といった名称も候補に挙がっていたとしている（同名のバーが既に存在しなかったことから、この案は見送られた）。また、本作の脚本は他のシナリオライターが提出したものをシリーズ構成の両澤千晶が練り直す方式をとっており、該当話数では連名となったという。また、古澤は他のインタビューにおいてはキャラクター、メカニックのデザインにおいて5、6人のオーディションを通して決定したと語っている。
メカニックデザインを務めた大河原邦男は自著において、「SEED」当時においてプラモデルがガンダムシリーズ一作目『機動戦士ガンダム』以来のヒットであったことから、続編の『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』が製作されたと語っている。

地球連合軍 / アークエンジェル

• キラ・ヤマト （声 - 保志総一朗）
• マリュー・ラミアス （声 - 三石琴乃）
• ムウ・ラ・フラガ （声 - 子安武人）
• ナタル・バジルール （声 - 桑島法子）
• フレイ・アルスター （声 - 桑島法子）
• サイ・アーガイル （声 - 白鳥哲）
• ミリアリア・ハウ （声 - 豊口めぐみ）
• ムルタ・アズラエル （声 - 檜山修之）

プラント / ザフト

• アスラン・ザラ （声 - 石田彰）
• ラウ・ル・クルーゼ （声 - 関俊彦）
• イザーク・ジュール （声 - 関智一）
• ディアッカ・エルスマン （声 - 笹沼晃）
• ニコル・アマルフィ （声 - 摩味）
• ラクス・クライン （声 - 田中理恵）
• アンドリュー・バルトフェルド （声 - 置鮎龍太郎）

オーブ連合首長国

• カガリ・ユラ・アスハ （声 - 進藤尚美）

（オープニングクレジットより）

• 企画 - サンライズ
• 原作 - 矢立肇、富野由悠季
• シリーズ構成 - 両澤千晶
• キャラクターデザイン - 平井久司
• チーフメカ作監 - 重田智
• メカニックデザイン - 大河原邦男、山根公利
• 美術監督 - 池田繁美
• カラーコーディネーター - 歌川律子、柴田亜紀子
• 撮影監督 - 葛山剛士
• 編集 - 森田清次
• 音響監督 - 浦上靖夫
• 音楽 - 佐橋俊彦
• 音楽プロデューサー - 野崎圭一（フライングドッグ）、篠原廣人（ソニー・ミュージックエンタテインメント）、真野昇（サンライズ音楽出版）
• 監督 - 福田己津央
• プロデューサー - 竹田青滋（毎日放送）、古澤文邦（サンライズ）
• 製作 - 毎日放送、サンライズ

• 監督・演出 - 福田己津央
• 作画監督 - 平井久司、重田智、米山浩平
• 美術監督 - 池田繁美
• 撮影監督 - 葛山剛士
• 音響監督 - 藤野貞義
• 音響効果 - 蔭山満（フィズサウンドクリエイション）
• リマスター音楽プロデューサー - 野崎圭一（フライングドッグ）、山田智子（サンライズ音楽出版）
• プロデューサー - 峯岸功、牧本佑紀（バンダイビジュアル）

視聴率は最低4.6%、平均6.2%を記録し、平成以降のガンダムシリーズでは最高視聴率を達成した。本作以降毎日放送制作日曜朝8時30分枠のアニメはアニメ枠として定着し、以降も後番組『鋼の錬金術師』や続編『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』などのヒット作を輩出することとなる。
最高視聴率は2003年1月4日放送分のPHASE-13『宇宙（そら）に降る星』の8%で、ガンダムシリーズ歴代5位。

放送対象地域	放送局	放送時間	系列	ネット状況	備考
近畿広域圏	毎日放送	日曜 8:30 - 9:00	NET系列	製作局
北海道	北海道テレビ			同時ネット
宮城県	東日本放送
福島県	福島放送
関東広域圏	NETテレビ
新潟県	新潟テレビ21
長野県	テレビ信州		NET系列 日本テレビ系列
静岡県	静岡けんみんテレビ		NET系列
中京広域圏	名古屋テレビ
広島県	広島ホームテレビ
香川県・岡山県	瀬戸内海放送
福岡県	九州朝日放送
熊本県	熊本第一テレビ
鹿児島県	鹿児島放送

下記のほか、アニマックスなどの有料放送局上でも放送ソースはHDリマスター版が用いられる。

放送地域	放送局	放送期間	放送日時	放送系列	備考
日本全域	ガンダムSEED HDリマスタープロジェクト 公式サイト	2011年12月23日 - 2012年11月23日	金曜 23:00 更新	ネット配信	バンダイチャンネルのリンク形式
	バンダイナムコライブTV
	BS11	2012年1月1日 - 11月25日	日曜 19:30 - 20:00	BS放送	アニメ+枠
東京都	TOKYO MX	2012年1月3日 - 11月27日	火曜 22:29 - 22:59	独立局
千葉県	千葉テレビ	2021年3月29日 - 2023年2月13日	月曜 24:00 - 24:30
兵庫県	サンテレビ	2022年1月15日 -	土曜 23:30 - 24:00

毎日放送制作・NET系列 日曜8:30 - 9:00枠
前番組	番組名	次番組
マドレーヌといっしょに （ - 2002年9月29日）	機動戦士ガンダムSEED （2002年10月6日 - 2003年9月28日）	鋼の錬金術師 （2003年10月5日 - 2004年10月3日）