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Dim BaseItem As XElement = _
   <Root>
      <Item id="1">a</Item>
      <Item id="2">b</Item>
      <Item id="3">c</Item>
      <Item id="4">d</Item>
      <Item id="5">e</Item>
   </Root>

'XML変換のクエリ??実行
Dim NewItem As XElement = _
   <root>
      <%= From C In BaseItem.Descendants("Item") Select <item id=<%= C.@id %>><%= C.Value %>
         <%= From D In BaseItem.Descendants("Item") Where C.@id <> D.@id Select <item2 id=<%= D.@id %>><%= D.Value %></item2> %>
      </item>%>
   </root>

Console.WriteLine(NewItem)