敵ポケモンを倒すと、たまにそのポケモンがカプセルとなり、拾うことができます。
ギミックや頑丈なケースの中に入ってる場合もあります。
拾ったカプセル内のポケモンは、バトル終了後に仲間になります。
さらに、CHALLENGEをコンプリートしたボーナスでも手に入ります。
ステージによっては「カプセルを一定個数以上拾う」というCHALLENGEもあります。
カプセルは数種類あり、珍しいカプセルには強力なポケモンが入っています。
一般的なカプセル。おもに敵を倒すと拾うことができます。
少し珍しいカプセル。おもにギミックやケースの中に隠れています。
最も珍しいカプセル。ボスを倒すか、CHALLENGEコンプリートで手に入ります。