ALTキーの仮想キーコードはVK_MENUですが，OnKeyDownで捉えることはできません．
OnSyskeyDownです．規定ではメニューにフォーカスがあたります．

規定のイベント処理(メニューへフォーカス)をスキップしたい場合は下記のようにします．

BOOL CMainFrm::PreTranslateMessage(MSG* pMsg)
{
  switch(pMsg->message)
  {
  case WM_SYSKEYDOWN:
    if (pMsg->wParam == VK_MENU) 
    {
      return TRUE;
    }
    break;
  }
  
  return CFrameWnd::PreTranslateMessage(pMsg);
}