Windows->Settings/Preferences->Preferences->File/Projects
のAutoSaveをEnableにします。


ただしこの機能、CreatePolygonToolとか使ってる最中にも発動するのがなかなか困り物です……

自動保存前にダイアログを出します。

自動保存ファイル数の上限を設定します。

何分ごとに自動保存をするか設定します。

保存場所を設定できます。

Project	プロジェクトの中（workspace.melで設定したパス）
Named folder	フォルダ指定
Env Var	環境変数で指定

incrementalSave機能を使うと、上書き保存を行った際、古い方のma・mbを別の場所に退避してくれます。
個人的には必須の機能です。これをONにしてこまめに保存すればAutoSaveは要らないかもしれません。
設定は

File->Save Scene

のオプションボックスで

incremental saveにチェックを入れます。
scenes内のincrementalSaveフォルダにファイルがコピーされます。
ファイル数が増えますのでバージョン管理ソフトやプロジェクトをコピーして渡す際にはご注意ください。