アガルタ自体は通常モードとほぼ変わらないが、倒した後に「マダオワラヌ・・・」とメッセージが出て、これまでバリアを張るだけの役目だったボティスが最後のあがきとして2x2ボスになって再登場する。ボス・ボティスの攻撃方法は予告範囲に固定99999ダメージを飛ばしてくるというもので、範囲は最初フィールドの最上段と最下段の2列のみだが、1ターンごとにパーティを圧し潰すかのように上下から1列ずつ迫ってくるため4ターン目にはフィールド全域を覆い尽くし全滅必至となる。
アガルタのスキル封じ全体(永続)に発生保証が設定されているためボティス戦は
必ずスキルが封じられた状態で迎えることになる。したがってアガルタを6ホップして瞬殺してしまうと余力がなく詰みとなる。
スキル封じ中でもPPを使えばスキルが発動するので、ボティスまでPPを絶対温存すること。猛毒アタックを丁寧に避けつつ援軍を処理し、アガルタのHPが四割くらいのところで5ホップ、PPなしで全力攻撃する。HP1残してスキル封じ全体が飛んでくるので雑魚をなるべく処理しおともで回復につとめつつアガルタにとどめをさし、ボティスを1ホップ+PPで倒す――という戦術が無難だろう。
(ホップの分配や全力攻撃に入るボーダーラインは編成によって違うので注意)
耐える戦術になるので身かわしが非常に有効。管理人の使用パーティは、
オルバ・Λ(白竜の杖)、
バル・Λ(グラン・ルーン)、
スナイプ・Λ(グラン・ルーン)、
54B2(グラン・ルーン)、
ザフィッテ・Λ(白竜の杖)、
機械少女(カミヒソ)。
ザフィッテ・Λはホップと浮遊と毒無効・解除を兼ね備えたアガルタ攻略の決定的なキーキャラである。