ニューヨークが病気に襲われた。最初はただのインフルエンザと思われていたが、徐々に感染は拡大。殺傷力と共に手を付けられないほどにそのウィルスは広まっていった。
ここで彼らの取った方策は「隔離」。感染者を全員マンハッタンに隔離し、最終的に隔離区画の境には高い壁が築かれた。

しかし混乱は収まらず、遂にニューヨークのライフラインまでもが停止。ニューヨークには略奪と混沌、そしてそこに軍の物資−貴重かつ強力、希望となり得る物資−だけが残った。

数日後、それらを狙うエージェントが壁を越え、そこへ向かうようになった。彼らはそこをダークゾーン(The Dark Zone)と呼んだ。

パンデミック初期にマンハッタンに設けられた隔離区域。元々軍隊が管理していたが混乱を収束できずに撤退した地。
バックストーリーの通り、外ではなかなか手に入らないレア度の高い装備や物資が手に入ることが多い。が、高濃度汚染区域故に物資も汚染されている。そのため、使える状態にすべくまずは除染作業を経なければならない。

この物資を巡った戦闘が目玉となるただの敵、味方に分かれないPvP−共闘して確実に物資を確保するもよし、他プレイヤーを倒して物にするもよし、果ては仲間を裏切って入手した物資を独り占めするもよし−となるのだ。