読んで字のごとく、筐体２台を使った対人戦闘のこと。
実装は１弾から。
対戦にはそれぞれ100円が必要（カードがそれぞれ1枚払い出しされる）。
※ICカードを使用する場合、カードの回数を消費して戦闘する。
経験値・スコア・ビルドＭＳのチューンも通常通りに計算・加算される

タイトル画面で「対戦モード対応中！」と画面左に出ていれば対応の合図。
別の筐体でミッションを行っていないことを確認し、双方の合意のもとに100円を投入。
トップ画面から「対戦モード」を選択して対戦をスタートさせる。

１.地形がランダムで決定される。
カード排出後（ビルドファイターズモードでは対戦相手決定後）、
地形・戦場が決定。個人で選ぶことはできない。
対戦モードの場合、この際、100円の追加投入も可能（ビルドファイターズモードはモード選択前にすでに投入済み）。
ブーストチャージも可能だと思われるが、必ず双方の合意のもと行うようにすること。

２.通常通りに機体・パイロットを配備、出撃。
ここは通常と変わらないので省略。
地形に沿ったＭＳ・パイロット選びは必須。
AGEシステムをはじめとしたボーナス関係はそのまま発動する。
ビルドＭＳシステムも無論発動できる。

３．フェイズをランダム決定。各ラウンドの流れが表示され、戦闘を開始。
フェイズ（先攻・後攻）を決める。ラウンド数は4ラウンドで、交互に繰り返すことになる。
最終ターン発動スキルは最後のターンに発動のため、若干始動が遅くなる。
「ＢＵＩＬＤ　ＭＳ」３弾からは、旧「アタックフェイズ」が「攻撃フェイズ」、
旧「コマンドフェイズ」が「防御フェイズ」の呼び名に変更。
それぞれの内容に変わりはない。

4-1.攻撃フェイズを行う。
先攻側は攻撃フェイズに突入。
通常プレイ時のロックオンフェイズと同様に、カードを動かして相手をロックオンする。
この際、相手側の作戦などを見ることはできないが、通常のロックオンフェイズと同様に
相手のアビリティ、スピード、パイロットなどに加えて
相手のＧパワーを見ることができる。うまく倒したい相手を決めよう。

4-2.防御フェイズを行う。
後攻側は、防御フェイズに突入。
選択できる作戦は二つである。
作戦1・Ｇパワーアップ
Ｇパワーを5増やし、必殺技のチャンスを増やすことができる作戦。
アシストやコンビネーションアタックには対応不能になるが、
必殺技はスキルによって回避・反撃・鉄壁されないので対戦では重要な攻撃要素になるだろう（後述）。
また、増えたＧパワーは使わなければ当然持ち越されるので、
この後のラウンド２はアタックフェイズなのを利用して
ラウンド１で貯めたＧパワーとあわせて複数機に必殺技を使わせるという作戦もある。

作戦2.アシストカット
相手のアシストを妨害することができる作戦。
コンビネーションアタックやアシストを主体としていそうなら
迷わずこちらを選択することで、通常ミッションと同じように先手を取れる。
また、瀕死になった僚機を逃がす手段としてもアシストは存在するため、
その目論見をつぶしてしまう事も出来る。

ただし、アシストしてこなかった場合はまったくの無駄になるし
アシストカットが成功してもアシストしていた機体との戦闘は最後になる為
そのことも考えて決定する必要がある。

２機がアシストを仕掛けた場合、妨害する機体はランダム。
このため、当たりたくない（バトルタイプの相性の悪い）機体に勝手に突撃→返り討ちに遭う可能性もある。
この辺は相手がアシストしなかった場合も同様ではあるのだが。

なお、１機で戦闘する場合（主にビルドファイターズモード）、
敵・味方のどちらが１機編成でも選ぶことができない。
※「１機の場合アシストカットは使えません」の表示が出る。当然Ｇパワーアップを選択することになる。

強制的に先攻を取った攻撃となり先攻時のパイロットスキル・速烈・突撃・武闘等も発動するが、
ファンネルはスピードバトルがなくなるため発動しない。」
このためファンネル持ち機体は火力が足りず撃墜できないという危険性もある。
ただし突撃に関しては
素のスピードで勝負したことになる（大アップまでは確認）ため、超アップは狙いにくいと思われるが検証段階。

行動決定後、必殺技を発動できる場合はカードをこすることにより発動可能になる。
※攻撃・防御の両フェイズともに、Ｇパワーがあれば発動可能
相手の戦術を読み、うまくカウンターしていきたい。
反面、必殺技用にカードをこすっても相手がいないと無意味になるので注意。
(コマンドフェイズで相手が戦闘を仕掛けてこなければ
必殺技待機状態の為に消費したＧパワーはそのまま消費されて変換されない(通常のゲームモードと同じ)

３と４を入れ替え、交互に繰り返す。
通常のミッションと同様に、バーストやアクションを行い、敵を倒していく。
このあたりについては通常プレイと同じ感覚である。

５.相手のＭＳを３機撃墜すれば勝利。
同じＭＳ３機でも良い。撃墜されても機体は次のラウンドに復活するため、
ラウンド指定や撃墜依存などのスキルのうち漏らしはない。
もちろん、撃破された機体に無条件スキル効果がかかっている場合、スキル効果は消滅する。
撃墜状況はロックオンフェイズ時、画面の下に表示される。
また、撃墜する・されるごとに、ナレーションとともに現在の状況が表示される。
なお、４ターン以内にお互いＭＳを3機撃墜出来なかった場合は撃破数(☆)が多い方が勝者となる。☆の数が同数の場合は相手に与えた総合ダメージ値が多い方が勝者となる。

勝利後は通常と同じようにスコア発表などがある。
筐体のランキングには表示されるが、ミッションと違いミッションボーナス・ターン数クリアボーナスは得ることができず、
ディフェンスバーストやダメージ軽減スキルによりバトルポイントもたまり難く
スコアはよくて１０万程度にしかならない為、デイリーランキングにすら載せるのは難しい。
また、スターについても通常ミッションより少ない計算となる（「すべての敵を倒せ」ミッションが近い）。

ビルドファイターズモードでは勝利することでＥＸミッションに匹敵するスターボーナスを得ることもでき、
一定ＦＰで小隊経験値ボーナス等もあるのでうまく使おう。

決勝戦については公式ページにスコアとともに登録されて見る事が出来る。

トライエイジの情報発信を行うコロニーショップでは、
この対戦モードを使った大会「トライエイジトーナメント」が開催されている。
この時の参加費は100円（2014年9月大会より変更）、参加者はカードが１枚排出される。
(大会時は大会用に筐体の設定を変更、
フリープレイと同じ仕様になり、経験値などは一切入らない。また対戦モードのみ選択可能になる。)
基本的な対戦上の注意は、上記対戦モードと変わりがない。
各店の参加事項等をよく読み、ルールを守って楽しい大会にしよう。

基本的に、抽選に参加する（＝その店に来店する）ことで抽選参加賞カード、
抽選に当選し大会に参加したＧコマンダー全員に、
特殊プロモカードパック「スペシャルカードパック」が配布される。
※優勝・準優勝の場合は専用の賞状が贈呈される。
なので、大会の景品は最大２枚となる…が、以下のことに注意。
・本ゲームの大会はラウンドごとに作戦を立てることなどもあり非常に長時間となる。
なので、時間に余裕を持っての参加が望ましい。
（方式は基本トーナメント式、定員は基本１６人で、
満員でフルに試合をした場合は通常だと４〜５時間かそれ以上かかる）

・また、最後まで残っていた人を対象にお楽しみ抽選会が行われ、
ＳＰカードパックの追加プレゼントなどが行われているようだ。
場所によって異なることもあるため店員への確認はしておこう。

・各店舗によって、大会に参加できる最大人数・１６人の選出方法が先着・抽選の二つに分かれている。
細かいルール・年齢制限（小学生以下・年齢無制限）も各店で異なるのでお店の人に聞こう。
（もしくは大会を開くお店は基本コロニーショップなので公式ＨＰに毎月大会情報が掲載される為
そちらを参照してもよい。大まかには小学生以下・小中学生以下・年齢制限なしの３つに分かれる）

・基本的に、デッキはミッションで使用されるものではない対人戦用デッキでの戦闘を強いられる。
通常のミッションとは違いアタックバースト以外のパイロットが重用される傾向にあるようだ。
　デッキの傾向については弾によって新要素が重視される傾向にあり一定していない。
　また、対戦相手のＩＣカードの階級がとてつもなく高い例もあるため、なるべくゲームに慣れてからの戦闘が望ましい
。※「ジオンの興亡」１弾開始数日で、６弾の最大階級（大将）から２階級分進んでいた（元帥）例、
　その弾のＭＳ最大レベルが存在していた時代は稼働数日で最大レベルに達している例等
（お互いに与えるダメージは一部アビリティなどで補正がかかっているものもあるが
基本的にはミッションでの威力をそのまま適用しているので如何にダメージを減らしていくかが重要視される為、
基本はディフェンスバーストが重要視されていたが、変身・バーストバトルなどの登場で重要度が薄れてきている。）
　
　雑談Ｗｉｋｉ等、話せる場所での情報交換をお願いしたい。
・なお、スペシャルカードパックはイベントで先行配布されることもある（次世代ワールドホビーフェア等）。
　この場合もそれをもらうためだけに長蛇の列が発生する（イベント台でのフリープレイ前提）。
　基本的になくなることはないのだが開始数分での列打ち切り等は往々にして起こるため、
　もらいたいのならできる限り早めに列に並ぶことが望ましい。
※この際、カードを複数もらうため、わざと低レアカード１枚で戦闘し並ぶ回数を増やすという悪質な例も発生している（夏次世代で管理人確認）。

「ジオンの興亡」で開催される、トライエイジ初の全国大会。
以下の3ステップを踏み行われるものである。

１・1次予選・精鋭小隊選抜計画スコアアタックイベントへの参加
（2012年10月27日〜11月4日）
ドラマティックＵ．Ｃ．ミッションにもある「決戦！ア・バオア・クー！」を使用し、専用のミッションでスコアアタック。
スコアについては公式ＨＰで発表予定とのこと。
この際はスペシャルオペレーションと同様に、専用の特設メニューから選択。
クリアすることで誰でも、特別パーツ「全国戦名誉勲章」（ダメージ-200・アタック+200）を入手できる。

スコアアタック上位のＧコマンダーを11月15日（木）に発表。
公式ＨＰで事後登録（11月29日まで）を行う。

２・エリア代表決定戦（2013年1月）
各エリアにおける代表を決定するトーナメント戦が行われる。
次世代ＷＨＦの会場（４会場）で実施。
当日枠争奪スコアアタック（ミッション：強襲！トリプルＺ）を午前中、
フリープレイおよびエリア代表争奪トーナメント戦を午後に開催。

３・日本一決定戦（2013年2月24日）
エリアごとの優秀成績者が集い、特設の会場（ラゾーナ川崎ナムコワンダーパークヒーローズベース）での最終決戦。