特急列車・快速列車・各駅停車の3種類の列車が運行されている。
全体的には各駅停車の運行を主にした地域性重視の列車の運行を行っているが、優等列車(快速及び特急)の運行も積極的に行っている。
特急列車及び快速列車は、一部を除き全列車が全体を通して運行される。
各駅停車についても全体を通して運行される列車は少なからず存在する。
列車は、三島・
沼津・
静岡市・東静浜松発着を基本としている。
静岡市発着の列車については、ほとんどが各駅停車である。
例外としては、新富士駅から乗り入れる塩田鉄道甲富線の列車があり、静岡市・東静浜松方面に下る列車や東静沼津・三島に上る列車が存在。
新富士駅は正式な発着駅ではないが、会社境界駅のために意味合いを持っている(新富士駅で折り返す列車は事実上存在していない)。
・(東静)三島〜静岡市
以前は、三島駅と
京神三島駅と分かれており、連絡線が締結された後に、双方からの連絡列車が数多く乗り入れていたが、2010年11月に京神三島駅を廃止し、三島駅を共同利用駅化した。現在、京神急行電鉄線が1〜4番線、静岡線が5〜8番線,三島線が9〜10番線を使用(一部列車が8番線から)する。
東静沼津駅には一大基地の
沼津総合車両基地が併設されているため、この車両基地に入庫する回送列車を使用した東静沼津行各停列車も存在。
新富士駅では塩田鉄道甲富線からの連絡線があり、上下の列車を含め、甲府方面から来る特別快速列車(東静線内は快速)が乗り入れてくる。そのため、
新富士駅で待避するダイヤを組まれている普通列車も多い。
2019年7月13日より、NK電鉄線との相互直通運転を開始し、特急『しずはね』及び急行列車(NK電鉄線内では快速)、快速列車(NK電鉄線内では快速及び各駅停車)が運転されるが、いずれの列車も静岡市駅発着となる。 2020年3月11日をもって廃止。
快速列車や各駅停車の中には、8両編成で運行されている列車も多く、一部の列車は、後4両を切り離して前4両で東静浜松へ向かう。
・静岡市〜東静浜松・静都浜松
静岡市〜東静浜松の快速列車と特急列車は基本的に三島からの直通列車。
この区間は他社車両も見られ、名古屋急行電鉄線へ直通する各駅停車と同線岡崎駅までを結ぶ快速列車などがそれぞれ運転されている。
この区間で運行される列車の大半は
静岡市駅併設の
静岡車両基地か東静浜松駅に併設されている
浜松車両基地に常駐しているため、三島〜静岡市の区間のように区間列車は存在していない。
2015年3月14日より、浜松天竜川駅より分岐する形で第2の東静浜松駅である静都浜松駅が開業。こちらからは都名電鉄豊松線及び愛姫シティーラインへ直通する列車が運転されている。