FrontPage-Cytoscape

Cytoscapeチュートリアルのイントロダクション


Cytoscapeは、生物学的ネットワークデータの視覚化と解析のオープンソースパッケージです。Cytoscapeの中心的な機能には、自動的なグラフレイアウト、発現データやGene Ontologyアノテーションのような他のデータとネットワークデータとの高付加価値化、ノードかエッジの属性に関する視覚化があります。加えて、Cytoscapeはオープンなプラグインアーキテクチャを提供し、プラグインを作ることにより誰でも機能を追加することができ、有用なサードパーティプラグインライブラリのメインテナンスが可能です。現行のプラグインではキーワード検索やモジュール探索などに関して有用な機能があります。

以下のページにはCytoscapeとそのプラグインへのイントロダクションを提供するチュートリアルがあります。最初のグループではCytoscapeの中心的な機能を記述しています。Java Web Start(訳注:リンク切れ)を用いて、Cytoscapeを自分のPCにインストールすることなくチュートリアルを実行することができます。Java Web Startのセキュリティ上の問題について留意し、関連のページを記述しています。Java Web StartはWindowとMac OSXではデフォルトのまま実行可能です。Linuxではいくつかの補足的な設定が必要です。

二番目のグループではプラグインを選別して、Cytoscapeの応用操作について記述しています。すべてのプラグインは自由に利用可能ですが、多くはユーザーの同意が必要であり、いくつかのものは再配布が不可となっています。このためJava Web Startはこのグループではもちいることができず、Cytoscapeとプラグインを自分のPCにインストールする必要があります。

チュートリアルを実行するにあたってCytoscapeのマニュアルを見たくなるでしょう。

これらのチュートリアルを実行するには以下のウェブブラウザが必要です:

Netscape 5.0 以降
Internet Explorer 5.0 以降
Mozilla 6.0 以降
コメントや意見があれば cytoscape-discuss メーリングリストに投稿してください。

Basic Cytoscape Tutorials

チュートリアル2:フィルターとエディター

チュートリアル3:外部データの取得

このページへのコメント

WOUVpL Appreciate you sharing, great article post.Much thanks again. Cool.

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Posted by check it out 2014年01月21日(火) 12:42:06 返信

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