Cytoscape/Tutorials/Network_Load_&_Attri_Map
最終更新：
bioinformatics 2012年04月29日(日) 01:12:19履歴
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チュートリアル：ネットワークの読み込みとIDのマッピング
スライドショー Network Loading and ID Mapping (20 分)
ハンドアウト Network_Loading_And_ID_Mapping.pdf (7 ページ)
チュートリアルのキュレーター Mike Smoot
Cytoscapeはオープンソースソフトウエアなプラットフォームであり、ネットワークの情報付加、可視化、解析を行うものです。このチュートリアルでは以下を紹介します：
（他のオプションである、MergeはCytoscapeのNetowork Mergeユーティリティを開き、特定のネットワークとのマージを実行します。）
チュートリアル：ネットワークの読み込みとIDのマッピング 
スライドショー Network Loading and ID Mapping (20 分)
ハンドアウト Network_Loading_And_ID_Mapping.pdf (7 ページ)
チュートリアルのキュレーター Mike Smoot
目次
1 セットアップ：必要なプラグインの読み込み
2 ネットワークの検索
3 IDのマッピング
4 注意深くノードを見つけること！
5 考えうる次のステップ
Cytoscapeはオープンソースソフトウエアなプラットフォームであり、ネットワークの情報付加、可視化、解析を行うものです。このチュートリアルでは以下を紹介します：
- 検索語によりインターネット上の相互作用データベースを検索すること。
- ネットワークに異なるタイプのIDを付与すること。
- ダウンロードしたネットワークに検索語を見つけること。
- Cytoscapeを開始します。
- PluginsメニューからManage Pluginsを選択します。
- 検索ダイアログで"PSICQUIC"と入力します。
- "PSICQUICUniversalClient"プラグインを見つけ、もしインストールされていなければInstallボタンをクリックします。（訳注：最新版はv0.25だがCytoscape 2.81には対応していないとのこと）
- プラグインがインストールされるのを待ちます。
- "EnhancedSearch"プラグインに関して同様にします。
- "CyThesaurus"プラグインに関して同様にします。
- Plugin Managerを閉じます。
- FileメニューからImport → Network from Web Services...を選択します。
- ダイアログのData SourceコンボボックスからPSICQUIC Universal Web Service Clientを選択します。（他のデータソースでもこのチュートリアルは試せますので、気楽に好きなものを選んでください。）
- Queryフィールドに遺伝子IDYKR026C, YGR218W, YGL097Wを貼りつけてSearchボタンをクリックします。
- 数秒後、検索が終了するとポップアップダイアログが開きます。はいをクリックすると新しいネットワークが作成されます。
- The Search Resultダイアログが開きサービスプロバイダからのリストが表示され、クエリ結果適用するためのチェックボックスがあります。IntActサービス以外のチェックをすべて外してください。
- OKをクリックします。
- Import Resultボックスでも同様にOKをクリックします。
（他のオプションである、MergeはCytoscapeのNetowork Mergeユーティリティを開き、特定のネットワークとのマージを実行します。）
- 2つのネットワークが作成されているのがわかるでしょう：ネットワークの概要とネットワーク自身が表示されます。このチュートリアルではネットワークの概要は無視できます。読み込まれたネットワークの問題点の一つはノードのIDが自分がクエリとして入力したものと違う場合があることです。あなたが入力したものの代わりにPSICQUICサービスプロバイダが置換したIDを表示しています。ノードIDに加え、PSICQUICプラグインはノードの代替名などネットワークのいくつかの属性を追加で提供します。次のステップではこの代替名を用いて元のID名に戻していきます。
この節では異なるタイプのIDに基づいてIDの新しい属性を作成するCyThesaurusプラグインの使い方をみていきます。
- PluginsメニューでCyThesaurusを選択します。（訳注：「PSICQUIC Query Results」ウィンドウではなく「IntAct」ウィンドウがアクティブな状態で選択すること。そうでないと以下のBridgeDB web serviceにて生物種を先駆できる状態になりません）
- マッピングを作成する前に、CyThesaurusのデータソースを設定する必要があります。CyThesaurusダイアログの下部のID Mapping Resources Configurationボタンをクリックしてください。
- ダイアログの左側の"Sources of ID Mapping"ツリーからWeb Servicesを選択して下さい。
- ポップアップしたダイアログで"BridgeDB web service"オプションを選択し、次のコンボボックスで今実行している生物種に関するURLを選択します。酵母の遺伝子を扱っているので、http://webservice.bridgedb.org/Saccharomycesを選択し、OKをクリックします。
- ダイアログの左側の"Sources of ID Mapping"ツリーで正しいwebサービスがチェックされていることを確認してください。
- ダイアログ下部のSave current resources as defaultボタン（訳注：ver.1.31ではこのボタンは無いようです）をクリックしてCloseボタンをクリックしてください。
- メインのCyThesaurusダイアログに戻ります。
- ダイアログの上部にて実行するネットワークを選択してください。ネットワークを生成したデータベースにより名付けられています（例 "MINT" あるいは "IntAct"）。
- "Select source attribute IDType(s)"セクションにて、"Key Attribute"カラムをクリックします。選択ボックスが開き、ネットワークの利用可能な属性が表示されます。
- "PSI-MI-25.uniprotkb.top"を選択します。これによりCyThesaurusが属性のタイプを推測し、"PSI-MI-25.uniprotkb.top"の左のカラムにて"[Uniprot/TrEMBL]"が選択されます（訳注：選択されないので自分で選択）。追加あるいはalternative IDタイプをチェックボックスにて選択可能です。このチュートリアルでは"[Uniprot/TrEMBL]"が適切です。
- "Select destination attribute/IDType(s)"セクションでは"Target ID Type"フィールドをクリックします。リストから"Ensembl yeast"を選択します。
- これにより新しい属性が作成されますが、属性のタイプが適切でないものがリストされる可能性があります。これを変えるために"Select destination attribute/IDType(s)"セクションの"All target ID(s) or first only?"カラムをクリックします。"Keep the first target ID only"を選択します。これによりCyThesaurusが見つけた最初のシノニムを持つ属性が生成されます。
- OKをクリックします。
- 属性ブラウザーに"Ensembl Yeast"という新しい属性ができているのがわかると思います。
このチュートリアルで最後のステップは読み込んだネットワークでの検索語を見つけることです。単純に属性ブラウザーをスクロールしても良いですが、EnhancedSearchプラグインでより簡単に探すことが可能です。（訳注：Enhanced Searchプラグインをインストールします）
- Cytoscapeウィンドウの上部のツールバーの"Enhanced Search:"に検索語を1つか複数入力します。
- ここではYKR026C, YGR218W, YGL097Wを入力するとネットワーク上で3つのノードが選択されているのが分かると思います！
- カテゴリ：
- 学問・理系
- バイオインフォマティクス
このページへのコメント
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