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チュートリアル:ネットワークの読み込みとIDのマッピング


スライドショー Network Loading and ID Mapping (20 分)
ハンドアウト Network_Loading_And_ID_Mapping.pdf (7 ページ)

チュートリアルのキュレーター Mike Smoot
目次
1 セットアップ:必要なプラグインの読み込み
2 ネットワークの検索
3 IDのマッピング
4 注意深くノードを見つけること!
5 考えうる次のステップ

Cytoscapeはオープンソースソフトウエアなプラットフォームであり、ネットワークの情報付加、可視化、解析を行うものです。このチュートリアルでは以下を紹介します:
  • 検索語によりインターネット上の相互作用データベースを検索すること。
  • ネットワークに異なるタイプのIDを付与すること。
  • ダウンロードしたネットワークに検索語を見つけること。

セットアップ:必要なプラグインの読み込み

  • Cytoscapeを開始します。
  • PluginsメニューからManage Pluginsを選択します。
  • 検索ダイアログで"PSICQUIC"と入力します。
  • "PSICQUICUniversalClient"プラグインを見つけ、もしインストールされていなければInstallボタンをクリックします。(訳注:最新版はv0.25だがCytoscape 2.81には対応していないとのこと)
  • プラグインがインストールされるのを待ちます。
  • "EnhancedSearch"プラグインに関して同様にします。
  • "CyThesaurus"プラグインに関して同様にします。
  • Plugin Managerを閉じます。

ネットワークの検索

  • FileメニューからImport → Network from Web Services...を選択します。
  • ダイアログのData SourceコンボボックスからPSICQUIC Universal Web Service Clientを選択します。(他のデータソースでもこのチュートリアルは試せますので、気楽に好きなものを選んでください。)
  • Queryフィールドに遺伝子IDYKR026C, YGR218W, YGL097Wを貼りつけてSearchボタンをクリックします。
(この例では酵母を対象としていますが、他の生物種でも機能します。同様に他のID形式でも機能します。しかし、異なるPSICQUICサービスプロバイダは他のIDや生物種を扱っており、利用価値が大きく変わってくるかもしれません!)

  • 数秒後、検索が終了するとポップアップダイアログが開きます。はいをクリックすると新しいネットワークが作成されます。
  • The Search Resultダイアログが開きサービスプロバイダからのリストが表示され、クエリ結果適用するためのチェックボックスがあります。IntActサービス以外のチェックをすべて外してください。

  • OKをクリックします。
  • Import Resultボックスでも同様にOKをクリックします。

(他のオプションである、MergeはCytoscapeのNetowork Mergeユーティリティを開き、特定のネットワークとのマージを実行します。)
  • 2つのネットワークが作成されているのがわかるでしょう:ネットワークの概要とネットワーク自身が表示されます。このチュートリアルではネットワークの概要は無視できます。読み込まれたネットワークの問題点の一つはノードのIDが自分がクエリとして入力したものと違う場合があることです。あなたが入力したものの代わりにPSICQUICサービスプロバイダが置換したIDを表示しています。ノードIDに加え、PSICQUICプラグインはノードの代替名などネットワークのいくつかの属性を追加で提供します。次のステップではこの代替名を用いて元のID名に戻していきます。

IDのマッピング

この節では異なるタイプのIDに基づいてIDの新しい属性を作成するCyThesaurusプラグインの使い方をみていきます。
  • PluginsメニューでCyThesaurusを選択します。(訳注:「PSICQUIC Query Results」ウィンドウではなく「IntAct」ウィンドウがアクティブな状態で選択すること。そうでないと以下のBridgeDB web serviceにて生物種を先駆できる状態になりません)
  • マッピングを作成する前に、CyThesaurusのデータソースを設定する必要があります。CyThesaurusダイアログの下部のID Mapping Resources Configurationボタンをクリックしてください。
  • ダイアログの左側の"Sources of ID Mapping"ツリーからWeb Servicesを選択して下さい。
  • ポップアップしたダイアログで"BridgeDB web service"オプションを選択し、次のコンボボックスで今実行している生物種に関するURLを選択します。酵母の遺伝子を扱っているので、http://webservice.bridgedb.org/Saccharomycesを選択し、OKをクリックします。
(もしリストに生物種が表示されない場合、他のwebサービスオプションを試してみてください。)
  • ダイアログの左側の"Sources of ID Mapping"ツリーで正しいwebサービスがチェックされていることを確認してください。
  • ダイアログ下部のSave current resources as defaultボタン(訳注:ver.1.31ではこのボタンは無いようです)をクリックしてCloseボタンをクリックしてください。
  • メインのCyThesaurusダイアログに戻ります。
  • ダイアログの上部にて実行するネットワークを選択してください。ネットワークを生成したデータベースにより名付けられています(例 "MINT" あるいは "IntAct")。
  • "Select source attribute IDType(s)"セクションにて、"Key Attribute"カラムをクリックします。選択ボックスが開き、ネットワークの利用可能な属性が表示されます。
  • "PSI-MI-25.uniprotkb.top"を選択します。これによりCyThesaurusが属性のタイプを推測し、"PSI-MI-25.uniprotkb.top"の左のカラムにて"[Uniprot/TrEMBL]"が選択されます(訳注:選択されないので自分で選択)。追加あるいはalternative IDタイプをチェックボックスにて選択可能です。このチュートリアルでは"[Uniprot/TrEMBL]"が適切です。
  • "Select destination attribute/IDType(s)"セクションでは"Target ID Type"フィールドをクリックします。リストから"Ensembl yeast"を選択します。
  • これにより新しい属性が作成されますが、属性のタイプが適切でないものがリストされる可能性があります。これを変えるために"Select destination attribute/IDType(s)"セクションの"All target ID(s) or first only?"カラムをクリックします。"Keep the first target ID only"を選択します。これによりCyThesaurusが見つけた最初のシノニムを持つ属性が生成されます。
  • OKをクリックします。
  • 属性ブラウザーに"Ensembl Yeast"という新しい属性ができているのがわかると思います。

注意深くノードを見つけること!

このチュートリアルで最後のステップは読み込んだネットワークでの検索語を見つけることです。単純に属性ブラウザーをスクロールしても良いですが、EnhancedSearchプラグインでより簡単に探すことが可能です。(訳注:Enhanced Searchプラグインをインストールします)
  • Cytoscapeウィンドウの上部のツールバーの"Enhanced Search:"に検索語を1つか複数入力します。
  • ここではYKR026C, YGR218W, YGL097Wを入力するとネットワーク上で3つのノードが選択されているのが分かると思います!

考えうる次のステップ

同定したいノードのあるネットワークがある場合、方法がたくさんあります。
  • キーとして"Ensembl Yeast"属性をインポートします。
  • "Network Analyzer"プラグインを使ってネットワークのトポロジーを解析します。
  • 同じ検索語で他のデータベースを検索することによりネットワークを育て、結果を既存のネットワークにマージします。
  • 属性を読み込み(例:発現値)、VizMapperで情報を付加したネットワークの可視化を行います。

このページへのコメント

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