まずは参考にしたサイト。
詳細な手順などは以下のサイトにお任せするとして、
躓いた点や気になった点を書いていきます。

【NX・acro HD】ftfファイルを作る(FlashToolを用いた「OSのみ」初期化も可能)
http://xperia-freaks.org/2012/03/19/make-ftf/

CWM の次は .ftf だっ！(笑)
http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n76025

GXのftfファイルを作る
http://studio201.blog76.fc2.com/blog-entry-282.htm...

※flashtool-0.9.5.0-windows.exe解凍時に、kasperskyがトロイの木馬を判定してウイルス扱いになってしまいました。
MD5は同じでした。
多くの人がインストールして使っていると思うので、大丈夫だと信じてアプリケーションコントロールで許可を弱めてインストールしてみました。
こちらでも同様にkasperskyでブロックされた話がありました。
http://efmatic.wordpress.com/2011/01/21/z4root%E3%...

SUSでダウンロードされるファイルの構成についてちゃんと把握していないので、
いろいろとググってみたんですが、明記されているとこをはあまり見つからず…
大雑把ですが見つかったのが上記のYahoo!知恵袋のサイト。

ftfの元になるファイルは、
Program Files\Sony Mobile\Update Service\db\13740270\blob_fs　の下にある
FILE_* との事なので、SXの場合は以下のファイルっぽいです。

FILE_279063644　49,130 バイト
FILE_279138214　11,353,740 バイト
FILE_279138306　482,849,849 バイト

最近のバージョンではConvertToolは不要になっていて、flashtoolだけで済むようです。

1. flashtool を起動して Tools→Decryption files。
2. Source folder で FILE_* のフォルダを選択。FILE_*を全部選択して ->ボタンをクリック。
3. OKボタン。
4. Bundle Creation ウィンドウが開くので、Device、Version、Branding を入力。（少し下に記載）
5. partition-image_S1-SW-LIVE-7054-PID1-0002-MBR.sin、simlock.ta 以外のファイルを Firmware Content へ移動。
   ※この2つのファイルを除外する理由もわからないので、要調査。
6. OKボタン。
7. Device Selectionウィンドウが出たら、Sony Xperia SX を選択
8. Type of loader で Locked bootloader を選択。（Unlocked bootloaderはまだ未確認なので、とりあえず Locked bootloader）
9. Flashtool\firmwares フォルダにftfが出来上がる。

Bundle Creationの項目

Device	SO-05D
Version	7.0.D.1.117
Branding	NTTdocomo

SO-05D_7.0.D.1.117_NTTdocomo.ftf
510,637,951 バイト
MD5 FF7077CFCD7BEB42D599AF0165B8E83D

※ftfは出来上がったけど、bootloaderのロック、アンロックについて確認しておきたいので、
まだflashtoolでのリカバリは試してません。
また後日調べてから。
ヘタレですみません…