交通事故によって短い生涯を終えようとしていた
八鍬ミカ? (11歳) は、秘密結社ミコト教の首領
ミノカワマコトによって改造手術を受けた。生体ケミカルトマトを移植された八鍬ミカは、改造人間ケミカルトマトとして生まれ変わる。
命を救われたことに感謝した八鍬ミカはミコト教の首領ミノカワマコトの配下となり、ミコト教に所属する怪人として活動することとなった。(ミノカワと約束したため、一連の出来事は両親には内緒だった)
ミコト教の怪人として、ミノカワの意のままに操られていた改造人間ケミカルトマト。しかし街ひとつをケミカル汚染にしたところで、ようやくミノカワの悪意に気付く。教団から脱走しほうほうの体で追っ手から逃れるケミカルトマトは、すんでのところで行き掛かりの博士(
金城ひろし トマト学者 34歳)に救われた。
博士の研究室に身を隠したケミカルトマトは、悪のミコト教に立ち向かうことを決意する。ミノカワマコトと過去に因縁があるらしい博士の援助を受けながら、八鍬ミカは世界の平和を守る魔法少女として再起したのだった。