土坑を真上からみた場合の形状は円形、楕円形、方形、長方形、隅丸方形、隅丸長方形、不整形などがある。

土坑を半分に断ち割って覆土?（ふくど）の半分を取り除いていくと断面の形状が明らかになる。断面全体の形状には筒?状、フラスコ?状、漏斗?状などがある。また、底面も平坦なもの、窪み・凹凸をもつものなど様々である。

とくに規模の大きい土坑を大形土坑とよぶ場合があるが、明確な基準があるわけではない。柱?を建てるために掘られたとみられる小規模な土坑は、柱穴様土坑または柱穴様ピット?と呼ぶことが多い。なお、遺跡の時代や性格から考慮して、柱材を伴わなくても柱穴であることが確実視される場合（たとえば規則的にならぶ、柱の腐った痕跡があるなど）は、単に柱穴?と呼び、土坑と区別することがある。

半分に断ち割った際に、覆土を観察するが、それによって人為堆積か自然堆積かが判別できることが多い。土坑墓?の場合は一括埋め戻しの人為堆積が一般的であるのに対し、貯蔵穴?の場合は自然堆積であることが多い（もっとも、使わなくなって埋め戻す場合も多いので人為堆積の例も少なくない）。自然堆積の場合は、周囲の土砂が雨水のはたらきによって流れ込むことにより土層がレンズ?状に堆積の様子がしばしば確認される。

出土物（遺物?や人骨?）を伴わない場合、土坑の用途を決めることは実はたいへん難しい。

たとえば、縄文時代?の遺跡で、周囲に墓?ないし墓域?があり、径もしくは一辺が1ｍ強、深さは平面規模に比べて浅く、底が平坦、さらに覆土が一括埋め戻しの人為堆積という条件が全部揃っていれば、仮に人骨が出土しなくても、屈葬?の状態で葬送した土坑墓であることはほぼ間違いないと判断される。日本列島?の、特に山地?や台地?のように酸性土壌?が卓越するような環境にあっては、骨のカルシウム?分は何千年もの間にすっかり溶け出して痕跡がまったく残らないケースがむしろ一般的なのである。

とはいえ、人骨や墓標（立石 (考古学)|立石?・列石・配石など）、あるいは化学分析の結果間違いなくヒトの遺体と判断された脂肪酸|土壌試料?のような決め手となる証拠がない場合、100％土坑墓だと断定することはできない。他の用途に使用された可能性が全くないとは言い切れないからである。

前節「用途による分類」で述べたように、用途によって土坑を分類することはきわめて難しい。

そもそも人間が穴を掘るという行為には、埋葬?、居住?・避難、待ち伏せ狩猟?（陥し穴）、保存・保管・貯蔵、ゴミ?等の廃棄、排泄?、飼育?・養殖?・栽培?、取水・水汲み、調理?、たき火?、柱を建てる、石や碑を立てる･･･など、生活をより充実、便利、快適にする何らかの目的があってのことである。趣味で穴を掘る人はごく稀であろうから、穴を掘ること自体が目的のケースはほとんどない。したがって土坑には何らかの用途があったとみるのが常識的である。

それが平断面の形状やこれまでの検出例などから、ある程度類推される場合もあれば、遺物の出土によって完全に特定できる場合もあり、逆に、まったく判断の付かない場合もある。石器?や土器?が出土する場合には、その編年?により、年代をある程度特定できても、有機体遺物?に関しては酸性の土壌、高温多湿の気候、植物?やバクテリア?などの活発な活動など、日本の場合は特に残りにくい条件が揃っているので、用途まではなかなか完全に特定できないケースが多い。

土坑のうち、完全に用途が特定できる場合には「土坑墓」「貯蔵穴」のように、その用途に応じた名称で呼ぶことが一般的である。言い換えれば、狭義の土坑とは「性格不明もしくは性格の見極めにくい（柱穴やピット?より）大きめの穴」ということになる。

・ピット?
・ロクロピット?
・フラスコ状土坑
・貯蔵穴?
・土器溜まり様土坑?
・落とし穴?
・土坑墓?