未婚。心理療法家の賀茂アツコとオトナの関係。
浪人一年を経て淡路医科大卒業。
大柄だが小心。天才肌と言うより職人肌。
いつも白衣を着ている。胸に写真入りの身分証明書をバッジにして付けている。
服装にこだわらない。今では妻の選んだ物を無批判に着ている。割と堅めの服装が好き。
切れのない普通人。根を詰めるタイプ。暗い。要領が悪い。友達が居ない。一匹狼タイプ。
父は開業医。母は宮内庁に勤めていたが、御門が幼いときに病死（とされている）。
超高度情報化社会に疑問を持っている。
Roomsは使えるが、Rooms構造体が不得意。
かつて航空マニアであった。
＜裏設定＞
御門雅於は実は土御門の流れを汲む人間で、かなり強い霊的な感覚を持っている。しかし当人はそれを医学的に解釈して暮らしている。脳の無意識について御門はかなり限定的に思おうとしている。しかし、それに反抗するかに訪れる震えに耐えようと必死だ。母の陰陽道儀式に幼い頃参加していた。母は宮内庁に勤める陰陽師だった（法制上は総務課長）。御門は後にそれを知り、震える。霊的世界として広がっている無意識の世界。御門は一人それと戦い続ける。彼は遺伝子科部長として最新医学と陰陽道の接点を密かに求めているのだ。御門の戦いは続く。