画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ
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まだイメージｊについてほとんど触っていないのでわかっていないのですが、黒さ度合いを測るには、どうすればいいですか？
物の中心点や大きさをサブピクセル単位で精度良く測定したいのですが、0.500ピクセル単位で表示されてしまいます。中心点の座標は各ピクセルの座標の平均値として処理されているようなので0.333とか0.142といった数が出てきてもおかしくないと思うのですが、何か設定方法ありませんか？
ふつうは座標の測定結果はAnalyze／Set MeasurementsオプションのDecimal placesで指定した小数点以下の桁数で実数表示されると思います。一度、設定をリセット（Edit／Options／Reset）してみるのはいかがでしょうか。というのは、以前のバージョンのImageJではSub-pixel resolutionのON/OFFというオプションがあり、これをオンにしないとピクセルの縁をガタガタになぞった状態での整数の測定結果が出ていたと思います。このオプションが現在はもうないのですが、それがOFFになった状態だったりしないかな？と想像しました。関係なかったらごめんなさい。
有益な情報をありがとうございます．一つ気になるになることがあります．卑猥な広告が常に表示されており，このような広告を掲載しなようにはできないのでしょうか．学生から研究者まで幅広く利用されている学術的なサイトということを考えれば健全な広告に対し許可して頂ければと思います．
マック様コメントありがとうございます。不快な広告が表示されるとのことでご迷惑をおかけします。このサイトで表示される広告は、利用している SeesaaWiki サービスに付随するもので、利用者である当管理人には非表示にできませんし、表示する広告の種類を選ぶこともできません。SeesaaWiki は無料なので使っていますが、運営会社は広告料を使って運営していると思うので、しょうがないと思っています。
はじめまして、記事の方拝見いたしました。現在わたしの研究にてμＣＴの画像を３Ｄ化し、特定の部分だけの体積を測定したいと考えているのですが、操作法が分からず、苦戦しております。管理人様、もし体積測定の手法をご存知であればオンラインにてご教示いただきたくことは可能でしょうか。謝金も用意しています。どうかお助けいただけますと幸いです。よろしくお願い申し上げます。
たけ様、体積を計測する方法とのことですが、ImageJには一発で体積を計算するコマンドは用意されていないと理解しています。代わりにスタック内の各スライスで面積を計測してそれを積分するような計算を、手動またはマクロ等を使って行うことになるのかなと思います。これが面倒な場合は、体積を計算するプラグインが各種公開されています。「ImageJ 体積」などで検索して、たけ様の用途に使えそうなのを試してみるとよいのではないでしょうか。画像をスタックにして、閾値設定すれば、あとは自動的に体積を計算してくれると思います。
aaaa 様、ご丁寧にお知らせをいただきましてありがとうございました。管理人です。遅くなりましたが反映させました。もうずっとコンテンツ拡充をサボっていますが、あると役に立ちそうな文書をみつけて、また追加してみたいと思っています。
「ImageJではじめる生物画像解析」のKindle版は利用できなくなってます。
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まだイメージｊについてほとんど触っていないのでわかっていないのですが、黒さ度合いを測るには、どうすればいいですか？
物の中心点や大きさをサブピクセル単位で精度良く測定したいのですが、0.500ピクセル単位で表示されてしまいます。
中心点の座標は各ピクセルの座標の平均値として処理されているようなので0.333とか0.142といった数が出てきてもおかしくないと思うのですが、何か設定方法ありませんか？
ふつうは座標の測定結果はAnalyze／Set MeasurementsオプションのDecimal placesで指定した小数点以下の桁数で実数表示されると思います。一度、設定をリセット（Edit／Options／Reset）してみるのはいかがでしょうか。というのは、以前のバージョンのImageJではSub-pixel resolutionのON/OFFというオプションがあり、これをオンにしないとピクセルの縁をガタガタになぞった状態での整数の測定結果が出ていたと思います。このオプションが現在はもうないのですが、それがOFFになった状態だったりしないかな？と想像しました。関係なかったらごめんなさい。
有益な情報をありがとうございます．
一つ気になるになることがあります．
卑猥な広告が常に表示されており，このような広告を掲載しなようにはできないのでしょうか．学生から研究者まで幅広く利用されている学術的なサイトということを考えれば健全な広告に対し許可して頂ければと思います．
マック様
コメントありがとうございます。
不快な広告が表示されるとのことでご迷惑をおかけします。
このサイトで表示される広告は、利用している SeesaaWiki サービスに付随するもので、利用者である当管理人には非表示にできませんし、表示する広告の種類を選ぶこともできません。SeesaaWiki は無料なので使っていますが、運営会社は広告料を使って運営していると思うので、しょうがないと思っています。
有益な情報をありがとうございます．
一つ気になるになることがあります．
卑猥な広告が常に表示されており，このような広告を掲載しなようにはできないのでしょうか．学生から研究者まで幅広く利用されている学術的なサイトということを考えれば健全な広告に対し許可して頂ければと思います．
はじめまして、記事の方拝見いたしました。
現在わたしの研究にてμＣＴの画像を３Ｄ化し、特定の部分だけの体積を測定したいと考えているのですが、操作法が分からず、苦戦しております。
管理人様、もし体積測定の手法をご存知であればオンラインにてご教示いただきたくことは可能でしょうか。謝金も用意しています。どうかお助けいただけますと幸いです。よろしくお願い申し上げます。
たけ様、体積を計測する方法とのことですが、ImageJには一発で体積を計算するコマンドは用意されていないと理解しています。代わりにスタック内の各スライスで面積を計測してそれを積分するような計算を、手動またはマクロ等を使って行うことになるのかなと思います。これが面倒な場合は、体積を計算するプラグインが各種公開されています。「ImageJ 体積」などで検索して、たけ様の用途に使えそうなのを試してみるとよいのではないでしょうか。画像をスタックにして、閾値設定すれば、あとは自動的に体積を計算してくれると思います。
aaaa 様、ご丁寧にお知らせをいただきましてありがとうございました。管理人です。遅くなりましたが反映させました。もうずっとコンテンツ拡充をサボっていますが、あると役に立ちそうな文書をみつけて、また追加してみたいと思っています。
「ImageJではじめる生物画像解析」のKindle版は利用できなくなってます。