画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ

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  • 翻訳に使った版:2013年1月5日 7:46:13 更新


ImageJ メーリングリストを配信停止するには?

方法は、imagej.nih.gov/ij/list.htmlの "Leaving the List" (リストから退会)で説明されているとおり、listserv@list.nih.gov 宛に タイトルと本文に "UNSUBSCRIBE IMAGEJ" と書いた電子メールを送信するか、または、ブラウザで list.nih.gov/archives/imagej.htmlを開き、"Subscribe or Unsubscribe" (配信 または 配信停止)をクリックする。

学術論文では ImageJ をどのように引用すればよいですか?

ImageJ を参考文献に入れる方法は3つある:
  1. Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://rsb.info.nih.gov/ij/, 1997-2012.
  2. Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. (この文書はオンラインで利用可)
  3. Abramoff, M.D., Magelhaes, P.J., Ram, S.J. "Image Processing with ImageJ". Biophotonics International, volume 11, issue 7, pp. 36-42, 2004. (この文書は PDF として利用可)

(訳注:1 は ImageJ のプログラムとその作者を引用する方法、2, 3 は ImageJ の解説文書とその著者を引用する方法)

バグはどのように報告すればよいですか?

バグレポートは、NIH の W.S. Rasband (wsr at nih.gov)宛に送ってください。下の情報を添付してください。
  • ImageJ のバージョン
  • OS とそのバージョン
  • Java のバージョン(Helpメニュー>About ImageJ に表示)
  • ImageJ に割り当てているメモリ(Editメニュー>Options>Memory)と利用可能なメモリ量
  • 表示されたエラーメッセージすべて
  • その問題を再現させるのに必要なステップ

バグレポートを送る前に、ImageJ を最新バージョンにアップグレードし、複数のコンピュータでバグが再現するかどうか試してください。

(訳注:バグレポートはもちろん英語で)

"Auto" thresholding(「自動」閾値設定)は、どのようにはたらきますか?


"Default" の自動閾値設定(automatic thresholding)は、画像内を操作対象領域と背景とに分ける機能で、
  • Imageメニュー>Adjust>Threshold
  • Processメニュー>Binary>Make Binary
  • Processメニュー>Binary>Convert to Mask
で使われている。この過程では、まず仮の閾値が設定され、この閾値よりも大きい値を持つピクセルの平均輝度値と、閾値よりも小さい値を持つピクセルの平均輝度値がそれぞれ計算される。次にそれら2つの値の平均が計算され、それが次の閾値候補になる。この新しい閾値を使って再び計算が繰り返される。この過程は、閾値が平均値よりも大きくなったときストップする。すわなち、

閾値 = (背景の平均輝度値 + 対象部分の平均輝度値)/2

この機能のために ImageJ が利用するプログラムコードは ImageProcessor クラスの getAutoThreshold() メソッドである。

どうしたら文字表示がきれいになりますか?


Windows XP では、Clear Typeをオンにするとメニュー、ダイアログボックス、テキストウィンドウ、ステータスバーの見た目が改善する。Clear Type は、ピクセルのアンチエイリアスの方式である。
  • デスクトップのなにもないところを右クリックし、「プロパティ」を選ぶ。
  • 「デザイン」タブをクリックする。
  • 「効果」 をクリックする
  • 「次の方法でスクリーンフォントの縁を滑らかにする」をチェックする
  • ドロップダウンメニューで "Clear Type" を選ぶ

ツールアイコンの外見を改善するには、Editメニュー>Options>Misc.にある "Antialiased Tool Icons" (ツールアイコンをアンチエイリアス化)をオンにする。




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このページへのコメント

こんにちは、管理人です。このサイトはSeesaa Wikiの機能を使って作成していますが、編集(翻訳など)は管理人がひとりで行っています。通常のWikiサイトと違って、多くの人が集まって作業をしているのではありませんので、質問に回答がつきにくいと思います。気長にお待ちいただける場合以外は他の場所で質問していただくのがよろしいかと思います。以下、管理人が分かる範囲で。

たか様
MacOS Xのご質問ですが、管理人にはわかりません。申し訳ありません。

k様
本文中には、マクロの一部しか貼られていない箇所もあるかもしれませんので、その場合は動作しないかもしれません。貼られているのがマクロ全体なら、お書きになった方法で動作するはずだと思います。「ImageJマクロ言語」ページの「実例 "Hello World"」などは動作しますか?こちらでは動作しています。

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Posted by  imagej imagej 2018年01月04日(木) 10:01:19 返信

お忙しいところすみません。

本文中にある、色々なマクロは、どの様に発動させると良いのでしょうか?

テキストに貼り付けてマクロ ランしても動かさないのですが、どなた様かご教授下さい。

よろしくお願い致します。

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Posted by k 2017年12月28日(木) 20:48:49 返信

質問させてください。
Mac 10.13.2ですが
image Jの数値変更が全くできません。

例えば画像を開き、[Process] > [Math] > [Multiply で適当な明るさにしようとしても数値変更が全く操作できない状態です。

どなたか解決法をご存知であればご教授くだされば幸いです。

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Posted by たか 2017年12月25日(月) 15:54:15 返信

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