画像解析ソフトの定番 ImageJ のまとめ

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  • このページのオリジナルページ:Windows Installation
  • 翻訳に使った版:2013年3月21日 10:42:34 更新


インストール

ImageJ の Windows バージョンは、Java(32ビットまたは64ビットバージョン)が付属したものか、Java の付属しないものを入手可能。Java 64ビット版が付属するバージョンは、64ビット版の Windows が必要である。どちらの Java が付属するバージョンでも、Plugins メニュー>Compile and Run... コマンドのために必要な javac コンパイラを同梱している。また、すべてのバージョンに、George Silva の寄与により作製された ImageJ.exe という ImageJ 本体(ij.jar)を起動するための Windows プログラムが含まれている。

ImageJ.exe はファイルの関連付け、ドラッグアンドドロップ、自動設定、コマンドライン入力による操作をサポートする。jre フォルダ(Java 実行環境)がない場合、ImageJ.exe はインストールされた最新の Java を検知し、設定ファイル(ImageJ.cfg)を作成、コンピュータの搭載メモリ上限の3分の2 または 640MB の低い方に使用メモリをセットする。詳細は ImageJ.exe の README(お読みください) ファイルを参照。

ImageJ の新しいバージョンにアップグレードするには Help メニュー>Update ImageJ コマンドを使う。

メモリー

Edit メニュー>Options>Memory コマンドを使うと、デフォルト値の 640 MB 以上のメモリを ImageJ に割り当てることができる。注意点は、"Maximum Memory"(最大メモリ)の値に、実搭載メモリ(RAM)の 75% 以上の値を設定すると仮想メモリの "スラッシング" (thrashing; 激しく切り替わること)が発生するため、実行速度が低下するおそれがあること。Edit メニュー>Options>Memory コマンドは、ImageJ フォルダにある ImageJ.cfg ファイルの3行目を変更するため、このフォルダが書き込み可能になっている必要がある。ImageJ.cfg の下のサンプルでは、"Maximum Memory" が 1500 MB に設定されている:
    .
    jre\bin\javaw.exe 
    -Xmx1500m -cp ij.jar ij.ImageJ
注意点は、この指定が有効なのは、ImageJ.exe ファイルをダブルクリックして ImageJ を起動したときだけであること。ij.jar ファイルをダブルクリックして ImageJ を起動すると、利用可能メモリは 64 MB になってしまう。

下のようなエラーメッセージが表示されることがある:
    Unable to update the file "ImageJ.cfg
    C:\ Program Files\ImageJ\ImageJ.cfg (Access denied)
(意味:ImageJ.cfg ファイルを更新できません。C:\ Program Files\ImageJ\ImageJ.cfg ファイルへのアクセスが拒否されました。)

このエラーは、ImageJ のあるフォルダへの書き込み権限がないために起こる。この場合、ImageJ を管理者として実行するか、ドキュメントフォルダのような、自分が書き込み権限のあるフォルダに ImageJ をインストールする必要がある。

32ビット Windows システムで割り当てられる最大メモリは約 1.5GB である。64ビット Windows で 64ビット JVM を動作させる場合にはこの上限はない。

Windows 64ビット版

約 1.5 GB 以上のメモリを利用するには、64ビットCPU(AMD64、インテル Core 2 Duo など)と64ビット版の Windows、そして 64ビット版の Java と 3GB またはそれ以上の RAM が必要となる。Java 64ビット版が付属する ImageJ の Windows 版は、Download ページで利用可能である。

Edit メニュー>Options>Memory & Threads... を使うと、メモリ割り当てのデフォルト値 640 MB 以上を割り当てることができる。Memory & Threads(メモリ&スレッド)ダイアログボックス(dialog box)のタイトルは、Java 64ビット版で ImageJ を動作させると、"Memory (64-bit)" に変化する。

トラブルシューティング

ここでは Windows で ImageJ を動作させる場合に遭遇する一般的な問題と解決策を紹介する。
  • ImageJ が起動しない。
ImageJ フォルダ内の ImageJ.cfg ファイルを削除する。
  • Edit メニュー>Options>Memory & Threads... で使用メモリを増やせない。または ImageJ が予期せずメモリ不足になる。
ImageJを自分が書き込み権限のあるフォルダ、たとえばドキュメント・フォルダやデスクトップなどにインストールする。
  • ImageJ のウィンドウが真っ白になったり、ウィンドウ内がゴミだらけになる。
コンピュータのビデオカードをアップデートするか、または nVidia Fix plugin を動作させてみる。
  • 画像をダブルクリックしたり、画像を ImageJ のアイコンにドラッグしたりすると、複数の ImageJ が起動してしまう。
Edit メニュー>Options>Misc...."Run single instance listener" (シングルインスタンス・リスナーを動作させる)を有効にする。
  • 64ビット版の Java をインストールしたのに、ImageJ は 32ビット版の Java を使用してしまう。
ImageJ.cfg ファイルの2行目を修正して、64ビット版の Java を指定する。例えば、"C:\Program Files(x86)\Java\jre7\bin" となっていたら、"C:\Program Files\Java\jre7\bin" に変更する。

ドラッグ&ドロップ

ImageJ の Windows 版では、画像、テキストファイル、ROI(関心領域)、LUT(ルックアップテーブル)を "ImageJ" ウインドウにドロップする(ウィンドウ上にドラッグしてマウスを離す)と、それらを開くことができる。

プラグインソフトのコンパイル

Plugins メニュー>Compile and Run... コマンドは、Sun社の Java 開発キット(JDK)の tools.jar ファイルに含まれる javac コンパイラを使用する。Compile and Run... は Java の付属するバージョンの ImageJ で動作する。これは、ImageJ/jre/lib/ext フォルダに tools.jar ファイルが含まれているからである。Java の付属しないバージョンを使用していて、JDK もインストールしていない場合はこれらは行えない。この問題を解決するには、Java 実行環境(JRE)をアンインストールして、JDKをダウンロード、インストールした後、ImageJ フォルダの ImageJ.cfg ファイルを削除して ImageJ を再起動すればよい。ij.jar ファイルをダブルクリックして ImageJ を起動した場合も、Compile and Run... は動作しない。

コマンドライン入力によるオプション

ImageJ をコマンドラインから実行するには、"コマンドプロンプト" ウィンドウを開き、ImageJ のディレクトリに変更し、下のようなコマンドを入力する。
    jre\bin\java -jar -Xmx1024m ij.jar
  • Xmx1024m というスイッチで ImageJ が最大で 1024 MB(1 GB)の RAM を利用できるように指定している。

ImageJ は下のようなコマンドライン入力のオプションを認識する。
  "file-name"
     ファイルを開く
     例 1: blobs.tif
     例 2: /Users/wayne/images/blobs.tif
     例 3: e81*.tif

  -macro path [arg]
     マクロやスクリプト(JavaScript、BeanShell、Python)を実行し、arg の文字列(オプション)を渡す
     マクロやスクリプトでは getArgument() 関数を使ってこの値を取得できる。
     マクロやスクリプトは、もしも 'path' がディレクトリの完全なパスになっていない場合、
     ImageJ/macros フォルダにあると想定されている
     例 1: -macro analyze.ijm
     例 2: -macro script.js /Users/wayne/images/stack1
     例 3: -macro script.py '1.2 2.4 3.8'

  -batch path [arg]
    マクロやスクリプト(JavaScript、BeanShell、Python)をバッチ・モード(GUIでなく)
    実行する。arg の文字列(オプション)を渡す。
    マクロが終了すると ImageJ も終了する

  -eval "macro code"
     マクロコードをチェックする。
     例 1: -eval "print('Hello, world');"
     例 2: -eval "return getVersion();"

  -run command
     ImageJ のメニューコマンドを実行する。
     例: -run "About ImageJ..."
     
  -ijpath path
     Plugins ディレクトリを含むディレクトリのパスを指定する
     例: -ijpath /Applications/ImageJ

  -port
     他のインスタンスが実行中かどうかを ImageJ が判断する際に使用するポートを指定する
     例 1: -port1 (デフォルトポートアドレスとして + 1 を使用)
     例 2: -port2 (デフォルトポートアドレスとして + 2 を使用)
     例 3: -port0 (他のインスタンスをチェックしない)
             訳注) この項目は訳者が意味を理解していない
  -debug
     ImageJ をデバッグモードで実行する

最新版 Java へのアップグレード

Java をより新しいバージョンにアップグレードするには以下のようにする。
  1. 最新のJava開発キット(JDK)を www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/ からダウンロードしてインストールする。
  2. ImageJ フォルダを開き、jre フォルダを削除するか名前を変える。
  3. ImageJ.cfg ファイルを削除する。
  4. ImageJ を再起動すると、ローンチャー(ImageJ.exe)がインストールしたばかりの Java の新バージョンを使うような新しい ImageJ.cfg ファイルを生成する。

JAR ファイルの追加

プラグインには、JAR ファイルに含まれる Java コードライブラリを必要とするものがある(例、Jama.jar)。ImageJ プラグインのクラスローダーでは、プラグインフォルダまたはその直下のサブフォルダ内に JAR ファイルがある場合にはそれらのライブラリのコードを自動的に読み込む。ImageJ 1.39 またはそれ以降では、Plugins メニュー>Compile and Run... コマンドも プラグインフォルダまたはサブフォルダ内の JARファイルのライブラリをサポートする。注意点は、Compile and Run... コマンドは、JARファイルの名前が ".jar" で終わっていない場合やアンダーバーが含まれる場合には JARファイルを認識しないこと。

インストーラーについて

ImageJ の Windows 用インストーラーは、Inno Setup installer generator を用いて作製されている。


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