フォルダ内の一連の画像を、stack(スタック)として開く。画像のサイズとタイプがすべて揃っている必要がある。画像のタイプは、TIFF、JPEG、DICOM、BMP、GIF、FITS または PGM 形式か、
HandleExtraFileTypes プラグイン(追加ファイルタイプを取扱うプラグイン)のサポートする形式なら扱える。ダイアログボックス(ウインドウ)が2つあり、ひとつはフォルダを選択するダイアログボックスで、もうひとつはオプションを選ぶダイアログボックス。はじめのダイアログでは、フォルダ内の画像を1つ選び、"Open" (開く)をクリックする。2つめのダイアログ(下に示す)では、どの画像を開くか、画像サイズを縮小するかどうか、別の画像形式に変換するか、"仮想的" (ディスク常駐)スタックとして開くかどうかを決める。
何枚の画像を開くかを指定するには、
Number of Images(画像の枚数)フィールドを用いる。フォルダ内の
n 枚目の画像から読み込み始めるときは、
Starting Image(開始する画像)に
n を入力する。1枚おきに読み込むときには
Increment (増分)に "2" を入力、3枚に1枚ずつのときは "3" というように入力する。
File Name Contains(ファイル名が含む文字)フィールドに何かの文字を入力すると、ImageJ はファイル名にその文字が含まれている画像だけを開く。
Scale Image (画像の倍率)に100 未満の値を入力すると、メモリ必要量を減らすことができる。例えば 50 を入力すると、スタックを開くのに必要なメモリ量が75%に減少する。
Convert to 8-bit Grayscale (8ビットグレースケールに変換)オプションにチェックすると、16ビット画像を開くときに50%に、32ビットRGB画像を開くときに75%にメモリ必要量が減少する。
Convert to RGB (RGBに変換)オプションをチェックすると、RGBカラー画像とグレイスケール画像が混在していても開ける。
Sort Names Numerically(名前の数字順にソート)オプションをチェックすると、名前の文字としての順番(例:"name1.tif", "name10.tif", "name2.tif" の順)ではなく、数字部分の順番で開く(例:"name1.tif", "name2.tif", "name10.tif" の順)。同一シリーズ(タグ番号0020 0011)の DICOM ファイルは、常に画像番号タグ(0020 0013)でソートされる。
ListDicomTags マクロセットに含まれる "List Stack Tags" マクロを使うと、画像番号タグと画像シリーズタグの値をリストにできる。
画像を修正不可の Virtual Stack(仮想的スタック)として扱うには
Use Virtual Stack(仮想的スタックを使う)をチェックする。これには
Virtual Stack Opener(仮想的スタック利用)プラグインのバージョンを利用する。この方法を使うと、RAM メモリで扱うには大きすぎる画像シークエンスを開けるが、アクセス時間が遅くなり、スタック内の他の画像に切り替えると、画像に加えた変更が失われる。
Process Virtual Stack(仮想的スタックの処理)マクロに、仮想的スタックの全画像を処理する方法の実例がある。
作成される Stack (スタック)のサイズ(幅 X 高さ X 奥行き)は、ダイアログボックスの一番下に表示される。
画像シークエンスを開くには、
OpenSeriesUsingFilter(フィルタを利用して画像シリーズを開く)マクロを利用する方法もある。このマクロでは、カスタマイズ可能なファイル名フィルタを用いて画像シリーズをスタックとして開ける。