AVIコンテナ系

Windows Media Video 9 VCM

http://www.microsoft.com/japan/windows/windowsmedi...
Windows Media Video 9 コーデックのAVIが作れます

x264

http://www.ne.jp/asahi/l/a/
次世代規格のH264基準のコーデックのAVIが作れます
http://seraphy.fam.cx/~seraphy/pg_mod.html
PLUMAGEの作者さんがvfw codecを作られてます。

Dvix

http://www.divx.com/?lang=ja
有料なMPEG4コーデックです

Xvid

http://www.xvid.org/
Dvixが有料なのに対してフリーで開発がされているMPEG4コーデックです
Divxよりも綺麗との事、ただし、重いです＾＾；
真空波動拳で見ると16bitと表示されてるところが気になります。
（Divxや、WMV9VCMなどは24bitと表示されます）

AVIコンテナ以外

x264

http://seraphy.fam.cx/~seraphy/pg_mod.html
PLUMAGEの作者さんがAviUtlにてx264のmkv/mp4をネイティブに出力するプラグインを作られてます。

MeGUI

x264などのオプションをGUIで指定してエンコを行えるフロントエンドソフト
avisynthを介してエンコできます

Canopus HQ AVI Codec を使っている人は殆どいないでしょうけど、一応注意点をまとめておきます。
環境によって、違いはあるかもしれません。

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「システムの設定」

• ロード時に29.97fpsに近いものは自動的に29.97fpsに変換する
• ロード時に映像と音声の長さが0.1秒ずれているものは自動的にfps調整する

この二つの項目にチェックを入れてはならない。
チェックするとエンコード中にAVI_utlがハングアップすることがある。

• PV3-DV ファイルを読み込み時

忘れずに「fps調整」にチェックを入れ、プルダウンメニューで29.97fpsを指定する。
忘れると音声がずれまくる
さらに、エンコ時間が必要以上にかかってしまいます。

• コーデックの設定

「ITU-R BT.601で規定されたレベルを持つ」「RGBの[0,255]はIRE[0,100]に対応する」
実写映像ならば、どちらにチェックしても殆ど変わりなし、
100IRE以上の輝度信号を含んでいるデータに関しては、必要に応じて選択する。
（PV3は100IRE以上の輝度信号もきっちり記録します）