PIB

変数内に入ってる '\[[:任意の文字:]]' がエスケープシーケンスとして解釈されてしまう模様。
具体的には以下のような感じ。

$ path='C:\cygwin64\setup'

$ awk -vs="$path" 'BEGIN{print s;exit}'
awk: 警告: エスケープシーケンス `\c' は `c' と同等に扱われます
awk: 警告: エスケープシーケンス `\s' は `s' と同等に扱われます
C:cygwin64setup

bash の Parameter Expansion で Pattern substitution かけて \ を \\ に変換するしかないかな？
以下のような感じ。

$ awk -vs="${path//\\/\\\\}" 'BEGIN{print s;exit}'
C:\cygwin64\setup