hack のためのネタ帳, etc,,,

まとめ

いろいろと苦労した結果、
  • 破損ファイルの修復
  • 親環境の reboot
の二つで直ったような気がするのだが、結局問題はどこにあったのか、特定には至らず。
そもそもなぜファイルが破損していたのか?


状況

先週末 WSL2 試してみてたら、VirtualBox 上で動かしてた Ubuntu が上手く動かなくなった。
当初、ログイン後デスクトップ環境の起動に失敗してログイン画面に戻されるという状況だったので、だが、グラフィックスコントローラーを VBoxSVGA から VMSVGA に戻してみたりとかしてたのだが、デスクトップ起動しても何かの拍子に X が落ちてログイン画面に戻される。
Hyper-V との競合を疑って、WSL2 を 1 に戻して(と言うか仮想マシン プラットフォームを Disable にして)見たのだが、Firefox を起こして、Window をドラッグで移動すると X が落ちる。
4 月時点で撮ってた VBox 6.1.6 + GA 6.0.18 の snapshot に戻すと動いたのだが、VBox 6.1.14 だと、GA 6.0.18 に戻してみても Firefox で X が落ちる症状が改善しない。
WSL2 導入前後で VBox の update はしてないので、頭を抱える状況。

他にも boot が遅かったり、幾つか問題がありそうな状況。


Boot 時に、しばらくだんまり決められて長時間(1分くらい)待たされた後 "Gave up waiting for suspend/resume device" とか表示される。
ググってみると、どうも、resume device として登録されている swap の UUID が見つからないのが原因だとかなんとか

/etc/fstab に設定している swap の UUID を lsblk の値と一致させよとの事。
うちの環境には swap 入れてないので /etc/fstab には手を入れる箇所がなかった。

lsblk の結果は
$ blkid
/dev/sda1: UUID="********-****-****-****-************" UUID_SUB="********-****-****-****-************" TYPE="btrfs" PARTUUID="********-**"
のような感じで /dev/sda1 しか表示されない。

しかし、update-initramfs してみると
$ sudo update-initramfs -u
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-5.4.0-47-lowlatency
I: The initramfs will attempt to resume from /dev/zram3
I: (UUID=********-****-****-****-************)
I: Set the RESUME variable to override this.
のように、なぜか zram を拾って resume device として設定しようとしている模様。

/etc/initramfs-tools/initramfs.conf に以下の一行
RESUME=none
を追加して再度 update-initramfs すると "Gave up waiting for suspend/resume device" の表示は解消されたが、起動時間は相変わらず遅い状況。なぜだ?
/var/log/syslog とか journalctl とか覗いてみると、
Sep 14 13:32:05 VMUbuntu kernel: [ 2554.366960] BTRFS warning (device sda1): csum failed root 257 ino 6396855 off 557056 csum 0x7f6b1842 expected csum 0x68a80ce3 mirror 1
みたいに、BTRFS が check sum の不一致で警告を吐いてる事に気付いた。
journalctl | grep -E 'csum .*ino ' | sed -E 's/.* ino ([0-9]+).*/\1/g' | sort | uniq | while read i; do sudo find / -xdev -inum $i; done
のようにして inode に対応するファイルを探してみると
/usr/lib/python3.5/pickletools.py
/usr/include/libpng12/png.h
/usr/share/system-config-printer/scp-dbus-service.py
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/5/lto1
/usr/share/icons/DMZ-White/cursors/left_ptr_watch
/usr/share/man/man3/newlocale.3.gz
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtksourceview-3.0.so.1.8.0
/usr/share/mythes/th_en_US_v2.dat
/usr/share/fonts/opentype/noto/NotoSansCJK-Regular.ttc
/usr/lib/go-1.10/pkg/linux_amd64/os.a
/usr/lib/go-1.10/pkg/linux_amd64/plugin.a
/usr/lib/go-1.10/pkg/linux_amd64/syscall.a
/usr/share/fonts-font-awesome/css/font-awesome.min.css
/usr/lib/libreoffice/program/libvbaswobjlo.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libxslt.so.1.1.29
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/mutter/Meta-2.typelib
/var/lib/dpkg/info/gnome-control-center-data.md5sums
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicudata.so.60.2
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libicui18n.so.60.2
/usr/share/ibus/dicts/emoji-sw.dict
/usr/share/nmap/nmap-os-db
/var/lib/dpkg/info/locales.list
/lib/firmware/intel/ibt-19-32-0.sfi
/lib/firmware/iwlwifi-8265-31.ucode
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri/nouveau_drv_video.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri/r600_drv_video.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/dri/radeonsi_drv_video.so
/usr/lib/snapd/snapd
/usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libwebkit2gtk-4.0.so.37.44.6
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjavascriptcoregtk-4.0.so.18.16.7
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdns.so.1100.1.1
/bin/udevadm
/lib/udev/hwdb.d/20-OUI.hwdb
/usr/share/code/code
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libssl3.so
/usr/bin/Xwayland
/lib/modules/5.4.0-47-lowlatency/kernel/drivers/ntb/ntb.ko
/lib/modules/5.4.0-47-lowlatency/kernel/drivers/power/supply/pcf50633-charger.ko
/lib/modules/5.4.0-47-lowlatency/kernel/drivers/regulator/s2mps11.ko
/usr/bin/grub-syslinux2cfg
とかなってて割と致命的なファイルも死んでるっぽい。
これが原因かな?

dpkg の md5sums の方も
for i in /var/lib/dpkg/info/*.md5sums; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done | tee /tmp/damagedpkg.txt 
のようにして確認してみたところ

$ for i in /var/lib/dpkg/info/*.md5sums; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done | tee /tmp/damagedpkg.txt

のような感じ。

とりあえず、
sudo apt install --reinstall $(grep -E ^$'\t' /tmp/damagedpkg.txt | while read i; do i=${i##*/};i=${i%.*};i=${i%:*}; echo $i; done)
のようにして、破損してそうなパッケージを再インストール。

なんかいろいろと壊れてそう。
$ sudo apt install --reinstall $(grep -E ^$'\t' /tmp/damagedpkg.txt | while read i; do i=${i##*/};i=${i%.*};i=${i%:*}; echo $i; done)
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
libpng12-dev はダウンロードできないため、再インストールは不可能です。
以下のパッケージはアップグレードされます:
  code
アップグレード: 1 個、新規インストール: 0 個、再インストール: 15 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
165 MB 中 163 MB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 2,961 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] 
取得:1 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/universe amd64 imagemagick-common all 8:6.9.7.4+dfsg-16ubuntu6.8 [1,508 B]
取得:2 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 language-pack-en-base all 1:18.04+20180712 [419 kB]
取得:3 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 language-pack-gnome-en-base all 1:18.04+20180712 [473 kB]
取得:4 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 language-pack-gnome-ja-base all 1:18.04+20180712 [1,582 kB]
取得:5 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 language-pack-ja-base all 1:18.04+20180712 [1,656 kB]
取得:6 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551 [64.6 MB]
取得:7 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 udev amd64 237-3ubuntu10.42 [1,102 kB]
取得:8 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 vim-tiny amd64 2:8.0.1453-1ubuntu1.3 [476 kB]
取得:9 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 g++ amd64 4:7.4.0-1ubuntu2.3 [1,568 B]
取得:10 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 gfortran amd64 4:7.4.0-1ubuntu2.3 [1,356 B]
取得:11 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic/main amd64 gnome-mahjongg amd64 1:3.22.0-3 [2,924 kB]
取得:12 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic/main amd64 libgtksourceview-3.0-1 amd64 3.24.7-1 [221 kB]
取得:13 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 linux-modules-5.4.0-47-lowlatency amd64 5.4.0-47.51~18.04.1 [52.2 MB]
取得:14 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 openjdk-11-jre-headless amd64 11.0.8+10-0ubuntu1~18.04.1 [37.6 MB]                                                      
取得:15 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/ubuntu/archive/ubuntu bionic-updates/main amd64 python3-dev amd64 3.6.7-1~18.04 [1,288 B]                                                                               
エラー:6 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551                                                                                                            
  ハッシュサムが適合しません
  Hashes of expected file:
   - SHA512:2c8af3c9977b19b37abbff7ea871ca6ad91657fe941f6017106416006b60e3716d7617c72aa89ba4e33902c9d11385b62003666d8fb40a1ad212c85c871b2974
   - SHA256:3da7ed9ef6afac1fde962237def2179ca5d4b64bdbf788c93e1c153e588a4816
   - SHA1:ff871c92d435dd663218722fff730eb65c2b9397 [weak]
   - MD5Sum:6b3294eea795a606e527a092006bb830 [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Hashes of received file:
   - SHA512:7e8cc62b2eacf592951f0b44a28a3d791cfa9578c5c9458e0d2de693f822b039efb4a73af6022bb24410b3769045c1de88afec260418b2b08d98a6c11f773cad
   - SHA256:82824d850d4492b968083fefb2449176b154327231c6f68a7fb323c3949934f1
   - SHA1:af9dd9b7e85589151fdb64850c7561a8d7e85e3d [weak]
   - MD5Sum:8ba0831a2ab6c4b08f5ad83525dd58be [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Last modification reported: Thu, 10 Sep 2020 18:50:17 +0000
163 MB を 23秒 で取得しました (7,137 kB/s)                                                                                                                                                                     
E: https://packages.microsoft.com/repos/vscode/pool/main/c/code/code_1.49.0-1599744551_amd64.deb の取得に失敗しました  ハッシュサムが適合しません
   Hashes of expected file:
    - SHA512:2c8af3c9977b19b37abbff7ea871ca6ad91657fe941f6017106416006b60e3716d7617c72aa89ba4e33902c9d11385b62003666d8fb40a1ad212c85c871b2974
    - SHA256:3da7ed9ef6afac1fde962237def2179ca5d4b64bdbf788c93e1c153e588a4816
    - SHA1:ff871c92d435dd663218722fff730eb65c2b9397 [weak]
    - MD5Sum:6b3294eea795a606e527a092006bb830 [weak]
    - Filesize:64556344 [weak]
   Hashes of received file:
    - SHA512:7e8cc62b2eacf592951f0b44a28a3d791cfa9578c5c9458e0d2de693f822b039efb4a73af6022bb24410b3769045c1de88afec260418b2b08d98a6c11f773cad
    - SHA256:82824d850d4492b968083fefb2449176b154327231c6f68a7fb323c3949934f1
    - SHA1:af9dd9b7e85589151fdb64850c7561a8d7e85e3d [weak]
    - MD5Sum:8ba0831a2ab6c4b08f5ad83525dd58be [weak]
    - Filesize:64556344 [weak]
   Last modification reported: Thu, 10 Sep 2020 18:50:17 +0000
E: いくつかのアーカイブを取得できません。apt-get update を実行するか --fix-missing オプションを付けて試してみてください。
code はなんか別の問題臭いが、とりあえず --fix-missing を付けてたの奴を処理。
$ sudo apt install --fix-missing --reinstall $(grep -E ^$'\t' /tmp/damagedpkg.txt | while read i; do i=${i##*/};i=${i%.*};i=${i%:*}; echo $i; done)
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
libpng12-dev はダウンロードできないため、再インストールは不可能です。
以下のパッケージはアップグレードされます:
  code
アップグレード: 1 個、新規インストール: 0 個、再インストール: 15 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
165 MB 中 64.6 MB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 2,961 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] 
取得:1 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551 [64.6 MB]
取得:1 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551 [64.6 MB]                                                                                                    
エラー:1 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551                                                                                                            
  ハッシュサムが適合しません
  Hashes of expected file:
   - SHA512:2c8af3c9977b19b37abbff7ea871ca6ad91657fe941f6017106416006b60e3716d7617c72aa89ba4e33902c9d11385b62003666d8fb40a1ad212c85c871b2974
   - SHA256:3da7ed9ef6afac1fde962237def2179ca5d4b64bdbf788c93e1c153e588a4816
   - SHA1:ff871c92d435dd663218722fff730eb65c2b9397 [weak]
   - MD5Sum:6b3294eea795a606e527a092006bb830 [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Hashes of received file:
   - SHA512:d7feab563204566363db0dac281d8f7bfa503e2fc8806217c44d1b170fbff3ef8d6423bb3d033e5b5c5f33259231bf6de44de5a9a1679894c55aa51693021e1b
   - SHA256:949978b7dfbd117b131e5501b4c3eb5b7b1e9f7300ef2fa6fbb311783ca1221d
   - SHA1:10c3018afe463514ac9c36844ee1ee1644602f95 [weak]
   - MD5Sum:f5547ac4f833b4b6a4737b454c8689cf [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Last modification reported: Thu, 10 Sep 2020 18:50:17 +0000
37.5 MB を 17秒 で取得しました (2,188 kB/s)                                                                                                                                                                    
(データベースを読み込んでいます ... 現在 174894 個のファイルとディレクトリがインストールされています。)
.../00-imagemagick-common_8%3a6.9.7.4+dfsg-16ubuntu6.8_all.deb を展開する準備をしています ...
imagemagick-common (8:6.9.7.4+dfsg-16ubuntu6.8) で (8:6.9.7.4+dfsg-16ubuntu6.8 に) 上書き展開しています ...
.../01-language-pack-en-base_1%3a18.04+20180712_all.deb を展開する準備をしています ...
language-pack-en-base (1:18.04+20180712) で (1:18.04+20180712 に) 上書き展開しています ...
インストールされたパッケージ language-pack-en (1:18.04+20190718) の中のファイルで置き換えられました ...
.../02-language-pack-gnome-en-base_1%3a18.04+20180712_all.deb を展開する準備をしています ...
language-pack-gnome-en-base (1:18.04+20180712) で (1:18.04+20180712 に) 上書き展開しています ...
インストールされたパッケージ language-pack-gnome-en (1:18.04+20190718) の中のファイルで置き換えられました ...
.../03-language-pack-gnome-ja-base_1%3a18.04+20180712_all.deb を展開する準備をしています ...
language-pack-gnome-ja-base (1:18.04+20180712) で (1:18.04+20180712 に) 上書き展開しています ...
インストールされたパッケージ language-pack-gnome-ja (1:18.04+20190718) の中のファイルで置き換えられました ...
.../04-language-pack-ja-base_1%3a18.04+20180712_all.deb を展開する準備をしています ...
language-pack-ja-base (1:18.04+20180712) で (1:18.04+20180712 に) 上書き展開しています ...
インストールされたパッケージ language-pack-ja (1:18.04+20190718) の中のファイルで置き換えられました ...
.../05-udev_237-3ubuntu10.42_amd64.deb を展開する準備をしています ...
udev (237-3ubuntu10.42) で (237-3ubuntu10.42 に) 上書き展開しています ...
.../06-vim-tiny_2%3a8.0.1453-1ubuntu1.3_amd64.deb を展開する準備をしています ...
vim-tiny (2:8.0.1453-1ubuntu1.3) で (2:8.0.1453-1ubuntu1.3 に) 上書き展開しています ...
.../07-g++_4%3a7.4.0-1ubuntu2.3_amd64.deb を展開する準備をしています ...
g++ (4:7.4.0-1ubuntu2.3) で (4:7.4.0-1ubuntu2.3 に) 上書き展開しています ...
.../08-gfortran_4%3a7.4.0-1ubuntu2.3_amd64.deb を展開する準備をしています ...
gfortran (4:7.4.0-1ubuntu2.3) で (4:7.4.0-1ubuntu2.3 に) 上書き展開しています ...
.../09-gnome-mahjongg_1%3a3.22.0-3_amd64.deb を展開する準備をしています ...
gnome-mahjongg (1:3.22.0-3) で (1:3.22.0-3 に) 上書き展開しています ...
.../10-grub-common_2.02-2ubuntu8.18_amd64.deb を展開する準備をしています ...
grub-common (2.02-2ubuntu8.18) で (2.02-2ubuntu8.18 に) 上書き展開しています ...
.../11-libgtksourceview-3.0-1_3.24.7-1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
libgtksourceview-3.0-1:amd64 (3.24.7-1) で (3.24.7-1 に) 上書き展開しています ...
.../12-linux-modules-5.4.0-47-lowlatency_5.4.0-47.51~18.04.1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
linux-modules-5.4.0-47-lowlatency (5.4.0-47.51~18.04.1) で (5.4.0-47.51~18.04.1 に) 上書き展開しています ...
dpkg-deb (サブプロセス): アーカイブメンバーを伸張しています: lzma エラー: 圧縮データが壊れています
dpkg-deb: エラー: <伸張> subprocess returned error exit status 2
dpkg: アーカイブ /tmp/apt-dpkg-install-0OfOcK/12-linux-modules-5.4.0-47-lowlatency_5.4.0-47.51~18.04.1_amd64.deb の処理中にエラーが発生しました (--unpack):
 './boot/System.map-5.4.0-47-lowlatency' の展開済みデータを '/boot/System.map-5.4.0-47-lowlatency.dpkg-new' にコピーできません: ファイルまたはストリームの予期しない終わりです
.../13-openjdk-11-jre-headless_11.0.8+10-0ubuntu1~18.04.1_amd64.deb を展開する準備をしています ...
openjdk-11-jre-headless:amd64 (11.0.8+10-0ubuntu1~18.04.1) で (11.0.8+10-0ubuntu1~18.04.1 に) 上書き展開しています ...
.../14-python3-dev_3.6.7-1~18.04_amd64.deb を展開する準備をしています ...
python3-dev (3.6.7-1~18.04) で (3.6.7-1~18.04 に) 上書き展開しています ...
処理中にエラーが発生しました:
 /tmp/apt-dpkg-install-0OfOcK/12-linux-modules-5.4.0-47-lowlatency_5.4.0-47.51~18.04.1_amd64.deb
バスエラー
バスエラーってなんだ!?状態。
いろいろヤバそうだが、とりあえず、継続させてみる。
$ sudo apt dist-upgrade --fix-missing
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
アップグレードパッケージを検出しています... 完了
以下のパッケージはアップグレードされます:
  code
アップグレード: 1 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
14 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
64.6 MB のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 2,961 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] 
取得:1 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551 [64.6 MB]
エラー:1 https://packages.microsoft.com/repos/vscode stable/main amd64 code amd64 1.49.0-1599744551                                                                                                            
  ハッシュサムが適合しません
  Hashes of expected file:
   - SHA512:2c8af3c9977b19b37abbff7ea871ca6ad91657fe941f6017106416006b60e3716d7617c72aa89ba4e33902c9d11385b62003666d8fb40a1ad212c85c871b2974
   - SHA256:3da7ed9ef6afac1fde962237def2179ca5d4b64bdbf788c93e1c153e588a4816
   - SHA1:ff871c92d435dd663218722fff730eb65c2b9397 [weak]
   - MD5Sum:6b3294eea795a606e527a092006bb830 [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Hashes of received file:
   - SHA512:0b783a1c34e3960b2717dac7eace4253f1d350cb9b8cebb6cc3757de021120874265ac5b67655ff3fbf084b244f991f4f1b6c51c4e1447b35f53e99ddac27334
   - SHA256:a0643082febbddfa3adac006f536e0af14058b8c869c233f5ed4993f200c2627
   - SHA1:67804d32a9d75f8e9f34c41682cb8074375e6b24 [weak]
   - MD5Sum:4f92740852c11618bf429d45114bc4f0 [weak]
   - Filesize:64556344 [weak]
  Last modification reported: Thu, 10 Sep 2020 18:50:17 +0000
64.6 MB を 14秒 で取得しました (4,456 kB/s)                                                                                                                                                                    
vim-tiny (2:8.0.1453-1ubuntu1.3) を設定しています ...
gfortran (4:7.4.0-1ubuntu2.3) を設定しています ...
language-pack-en-base (1:18.04+20180712) を設定しています ...
Generating locales (this might take a while)...
Generation complete.
libgtksourceview-3.0-1:amd64 (3.24.7-1) を設定しています ...
language-pack-ja-base (1:18.04+20180712) を設定しています ...
Generating locales (this might take a while)...
Generation complete.
openjdk-11-jre-headless:amd64 (11.0.8+10-0ubuntu1~18.04.1) を設定しています ...
python3-dev (3.6.7-1~18.04) を設定しています ...
imagemagick-common (8:6.9.7.4+dfsg-16ubuntu6.8) を設定しています ...
language-pack-gnome-ja-base (1:18.04+20180712) を設定しています ...
gnome-mahjongg (1:3.22.0-3) を設定しています ...
udev (237-3ubuntu10.42) を設定しています ...
update-initramfs: deferring update (trigger activated)
grub-common (2.02-2ubuntu8.18) を設定しています ...
update-rc.d: warning: start and stop actions are no longer supported; falling back to defaults
language-pack-gnome-en-base (1:18.04+20180712) を設定しています ...
g++ (4:7.4.0-1ubuntu2.3) を設定しています ...
hicolor-icon-theme (0.17-2) のトリガを処理しています ...
mime-support (3.60ubuntu1) のトリガを処理しています ...
ureadahead (0.100.0-21) のトリガを処理しています ...
desktop-file-utils (0.23-1ubuntu3.18.04.2) のトリガを処理しています ...
libglib2.0-0:amd64 (2.56.4-0ubuntu0.18.04.6) のトリガを処理しています ...
bamfdaemon (0.5.3+18.04.20180207.2-0ubuntu1) のトリガを処理しています ...
Rebuilding /usr/share/applications/bamf-2.index...
libc-bin (2.27-3ubuntu1.2) のトリガを処理しています ...
systemd (237-3ubuntu10.42) のトリガを処理しています ...
man-db (2.8.3-2ubuntu0.1) のトリガを処理しています ...
gnome-menus (3.13.3-11ubuntu1.1) のトリガを処理しています ...
initramfs-tools (0.130ubuntu3.9) のトリガを処理しています ...
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-5.4.0-47-lowlatency
cp: '/lib/modules/5.4.0-47-lowlatency/kernel/drivers/regulator/s2mps11.ko' の読み込みエラー: 入力/出力エラーです
depmod: ERROR: failed to load symbols from /var/tmp/mkinitramfs_krvNzk/lib/modules/5.4.0-47-lowlatency/kernel/drivers/regulator/s2mps11.ko: Invalid argument
E: https://packages.microsoft.com/repos/vscode/pool/main/c/code/code_1.49.0-1599744551_amd64.deb の取得に失敗しました  ハッシュサムが適合しません
   Hashes of expected file:
    - SHA512:2c8af3c9977b19b37abbff7ea871ca6ad91657fe941f6017106416006b60e3716d7617c72aa89ba4e33902c9d11385b62003666d8fb40a1ad212c85c871b2974
    - SHA256:3da7ed9ef6afac1fde962237def2179ca5d4b64bdbf788c93e1c153e588a4816
    - SHA1:ff871c92d435dd663218722fff730eb65c2b9397 [weak]
    - MD5Sum:6b3294eea795a606e527a092006bb830 [weak]
    - Filesize:64556344 [weak]
   Hashes of received file:
    - SHA512:0b783a1c34e3960b2717dac7eace4253f1d350cb9b8cebb6cc3757de021120874265ac5b67655ff3fbf084b244f991f4f1b6c51c4e1447b35f53e99ddac27334
    - SHA256:a0643082febbddfa3adac006f536e0af14058b8c869c233f5ed4993f200c2627
    - SHA1:67804d32a9d75f8e9f34c41682cb8074375e6b24 [weak]
    - MD5Sum:4f92740852c11618bf429d45114bc4f0 [weak]
    - Filesize:64556344 [weak]
   Last modification reported: Thu, 10 Sep 2020 18:50:17 +0000
再確認
for i in /var/lib/dpkg/info/*.md5sums; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done | tee /tmp/damagedpkg.txt 
直ってない

$ for i in /var/lib/dpkg/info/*.md5sums; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done | tee /tmp/damagedpkg.txt

firefox とか、さっきは md5sum で引っかからなかったやつにまで被害が拡大しているのはなぜ?
language-pack は別の問題のような雰囲気も?除外して良いだろうか?

とりあえず、scrub かけてみる。
$ sudo btrfs scrub status /
scrub status for ********-****-****-****-************
	no stats available
	total bytes scrubbed: 0.00B with 0 errors
$ sudo btrfs scrub start /
scrub started on /, fsid ********-****-****-****-************ (pid=24020)
ERROR: there are uncorrectable errors
$ sudo btrfs scrub status /
scrub status for ********-****-****-****-************
	scrub started at Mon Sep 14 14:11:40 2020 and finished after 00:01:28
	total bytes scrubbed: 16.14GiB with 2652 errors
	error details: csum=2652
	corrected errors: 0, uncorrectable errors: 2652, unverified errors: 0
$ grep BTRFS /var/log/syslog|grep path: | sed -E 's/.*path: (.*)\)$/\1/g'
usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
var/lib/docker/volumes/2a6fa4f2fe6b14f75962a07da4eef4f187620809dbbf8b514e64f48904b52864/_data/ibtmp1
usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules
check sum は復旧してそう?
しかし reboot してみたが、firefox で X 落ちる症状は変わらず。

更に
sudo apt install --reinstall firefox
してみたが、これも効果なし。

入力/出力のファイルに対する動作は不可解で
$ sudo md5sum /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules
md5sum: /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules: 入力/出力エラーです
$ xxd /usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules
...
gnome-terminal が落ちる
みたいな感じになる。
なぜ gnome-terminal が落ちる?

しかも /var/log/syslog は
...
Sep 14 14:55:25 VMUbuntu pulseaudio[2079]: [alsa-sink-Intel ICH] alsa-sink.c: ALSA woke us up to write new data to the device, but there was actually nothing to write.
Sep 14 14:55:25 VMUbuntu pulseaudio[2079]: [alsa-sink-Intel ICH] alsa-sink.c: Most likely this is a bug in the ALSA driver 'snd_intel8x0'. Please report this issue to the ALSA developers.
Sep 14 14:55:25 VMUbuntu pulseaudio[2079]: [alsa-sink-Intel ICH] alsa-sink.c: We were woken up with POLLOUT set -- however a subsequent snd_pcm_avail() returned 0 or another value < min_avail.
Sep 14 14:55:30 VMUbuntu systemd-resolved[559]: Grace period over, resuming full feature set (UDP+EDNS0) for DNS server 192.168.1.1.
Sep 14 14:55:35 VMUbuntu gnome-terminal-server[17432]: **
Sep 14 14:55:35 VMUbuntu gnome-terminal-server[17432]: Vte:ERROR:../../src/vtestream-file.h:794:unsigned int _vte_boa_uncompress(char*, unsigned int, const char*, unsigned int): assertion failed (z_ret == Z_O
K): (4294967291 == 0)
Sep 14 14:55:35 VMUbuntu systemd[1768]: gnome-terminal-server.service: Main process exited, code=dumped, status=6/ABRT
Sep 14 14:55:35 VMUbuntu systemd[1768]: gnome-terminal-server.service: Failed with result 'core-dump'.
Sep 14 14:55:36 VMUbuntu dbus-daemon[1810]: [session uid=1000 pid=1810] Activating via systemd: service name='org.gnome.Terminal' unit='gnome-terminal-server.service' requested by ':1.84' (uid=1000 pid=17492 
comm="/usr/bin/gnome-terminal.real " label="unconfined")
Sep 14 14:55:36 VMUbuntu systemd[1768]: Starting GNOME Terminal Server...
Sep 14 14:55:36 VMUbuntu dbus-daemon[1810]: [session uid=1000 pid=1810] Successfully activated service 'org.gnome.Terminal'
Sep 14 14:55:36 VMUbuntu systemd[1768]: Started GNOME Terminal Server.
Sep 14 14:55:49 VMUbuntu gnome-shell[2062]: JS ERROR: Exception in callback for signal: position-changed: TypeError: this._rect is null#012getCurrentRect@resource:///org/gnome/shell/ui/keyboard.js:561:22#012w
rapper@resource:///org/gnome/gjs/modules/_legacy.js:82:22#012_onFocusPositionChanged@resource:///org/gnome/shell/ui/keyboard.js:643:20#012wrapper@resource:///org/gnome/gjs/modules/_legacy.js:82:22#012_emit@re
source:///org/gnome/gjs/modules/signals.js:128:27#012_setCurrentWindow/this._currentWindowPositionId<@resource:///org/gnome/shell/ui/keyboard.js:535:21
みたいな感じになってて、gnome-terminal が落ちる直接的な原因が I/O エラー以外にあるようにも見える。

再度内のパッケージの検証
$ find /var/lib/dpkg/info/ -iname '*.md5sums' -a -size +0 | grep -v language-pack | while read i; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done | tee /tmp/damagedpkg.txt
usr/share/applications/code-url-handler.desktop: 失敗
usr/share/applications/code.desktop: 失敗
md5sum: 警告: 2 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
	/var/lib/dpkg/info/code.md5sums

usr/share/vim/vim80/doc/help.txt: 失敗
md5sum: 警告: 2 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
usr/share/vim/vim80/doc/tags: 失敗
	/var/lib/dpkg/info/vim-tiny.md5sums

usr/share/gnome-mahjongg/themes/postmodern.svg: 失敗
md5sum: 警告: 1 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
	/var/lib/dpkg/info/gnome-mahjongg.md5sums

md5sum: usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules: 入力/出力エラーです
usr/lib/jvm/java-11-openjdk-amd64/lib/modules: FAILED open or read
md5sum: 警告: 一覧にある 1 個のファイルが読み込めませんでした
	/var/lib/dpkg/info/openjdk-11-jre-headless:amd64.md5sums


再インストール
sudo apt install --fix-missing --reinstall $(grep -E ^$'\t' /tmp/damagedpkg.txt | while read i; do i=${i##*/};i=${i%.*};i=${i%:*}; echo $i; done)

結果
$ grep -E ^$'\t' /tmp/damagedpkg.txt | while read i; do sudo md5sum --quiet -c $i || echo -e "\t$i\n"; done
usr/share/applications/code-url-handler.desktop: 失敗
usr/share/applications/code.desktop: 失敗
md5sum: 警告: 2 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
	/var/lib/dpkg/info/code.md5sums

usr/share/vim/vim80/doc/help.txt: 失敗
usr/share/vim/vim80/doc/tags: 失敗
md5sum: 警告: 2 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
	/var/lib/dpkg/info/vim-tiny.md5sums

usr/share/gnome-mahjongg/themes/postmodern.svg: 失敗
md5sum: 警告: 1 個の計算したチェックサムが一致しませんでした
	/var/lib/dpkg/info/gnome-mahjongg.md5sums

とりあえず、主だったところは潰せてる気がするが、
gnome-terminal のスクロールバードラッグしてたら gnome-terminal が落ちた。
実に意味不明で、やればやるほど原因が分からなくなってきた。

バイナリが腐ってる線はありそうだが一応大半のハッシュは一致してるみたいだし、一方で特定の動作で落ちたりするので、メモリが腐ってる線も考えにくい気がするのだが?
埒が明かないので、Ubuntu 20.04.1 LTS の ISO から新規環境を起こそうとしてみたのだが、これがまた上手く行かない。
Linux kernel の boot parameter に nomodeset を設定するとようやく GUI が起こせたが、Firefox 立ち上げてしばらく放置すると X こそ落ちない物の Window Manager が定期的に落ちる。

ふと、タスクマネージャー確認してみると、なぜか「サービス」のタブに「HV ホスト サービス」とかいうサービスが「実行中」になってた。
スタートアップの種類は「手動(トリガー開始)」なのになぜ起動しているのか?
とりあえず切ってみたが、VirtualBox は依然として不安定なまま。

また、Windows Update の更新の履歴に「2020-09 x64 ベース システム用 Windows 10 Version 1909 の累積更新プログラム (KB4574727)」として
が 2020-09-12 と 2020-09-09 に1件ずつ計2件登録されている。何だこれは?まさかお前のせい?


親環境の reboot 前に、念のため、Ubuntu 20.04 LTS の ISO も試してみたのだが、
こちらも nomodeset こそ必要なものの、Firefox で Window Manager が落ちる現象は試した範囲では確認出来ない。
先週までは、VM 上にインストール済みの Ubuntu で問題は起こっておらず、WSL2 の導入試験のため Windows 10 Pro 64bit 1909 18363.1082 を有効にするため reboot した後問題が生じている事から
  • Windows 10 Pro 64bit 1909 18363.1082
  • VirtualBox 6.1.14
  • Ubuntu 20.04.1 LTS 以降(?)の Firefox
の 3 つが揃うと何らかの不具合が発生しているということだろうか?
と書いている途中、おおよそ Firefox の起動から 15 分くらい経過したところで、Window Manager 落ちた orz

とりあえず、KB4574727 が2つ表示されてる件が気になるので、reboot
何事もなかったように復調した。

(もちろん破損個所を踏むと駄目なのは当然としても)上で苦労して、破損個所を潰したのが良かったのか、単に reboot しただけでも良かったのか?

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