PIB

たまたま拾われているのに気付き、その後解決したので簡単にコメントしておきます。問い合わせ等あればTwitterアカウントの方へご連絡いただければ対応できるかと思います。

KaHiPをCygwinでコンパイルし実行したかったのですが、コンパイル時にargtable2.10のリンクに失敗し、"undefined reference"エラーが大量に出るという状況でした。
解決策は、argtable2.10を別途ダウンロード、Cygwinにインストールし、KaHiPのSConstruct（3つあります）内の"argtable-2.10"を含むパスを、対応するパスに修正することです。
argtableのインストールは
$ ./configure -build=x86_64-unknown-cygwin
$ make
$ make install
でできます。
私の環境でのSConstructの修正後のパスは"/usr/local/include"、"/usr/local/lib"で、これが一般的かと思います。