PIB

Debian も多分同じ
ethtool package を install しておいて以下のようにすると、現在の状況が確認できる。

sudo ethtool eth0 | grep Wake-on

Ubuntu14.04 で ASRock H87 Pro4 だと以下のような感じだった。

        Supports Wake-on: pumbg
        Wake-on: d

ethtools package に入ってる /etc/network/if-up.d/ethtool には以下の記述がある。

# WOL has an optional pass-key
set -- $IF_ETHERNET_WOL
SETTINGS="$SETTINGS${1:+ wol $1}${2:+ sopass $2}"

/etc/network/interfaces から設定拾ってくれそうな雰囲気。
問題は、何て書いたら $IF_ETHERNET_WOL に入るのかなんだけど、これはサンプルが /usr/share/doc/ethtool/README.Debian にあって、以下のように書けばよいとの事。

iface eth0 inet dhcp
        link-speed 100
        link-duplex full
        ethernet-autoneg off
        ethernet-wol s 46:65:62:69:61:6e

つまり、パラメータ名を
tr -- "-a-z" "_A-Z"
して頭に IF_ をつけた変数に入るということかな。
と言うことで、以下のようにしておくことで、ifup する際に自動的に wol g が設定されるようになった。

auto eth0
iface eth0 inet dhcp
        ethernet-wol g