Cygwin に emacs を入れてコンソールで表示すると右端とか下端で1文字または1行ずれてレイアウトが崩壊する。
どうも TERM=cygwin になっているとまずいようで、TERM=xterm-256color とかにしておくと良いようだ。

もしコンソールじゃなくてウインドウで表示させたいなら emacs-x11 か emacs-w32 を入れておくと良い。
この場合も -nw オプションでコンソール版が使える。
GUI 版は IME との整合性考えると w32 の方が良いだろう。

参考:

• Qiita / watarin / 2014-02-07: CygwinでのEmacsの表示が崩れる（一行ずれるとか）場合はTERMを変える