/etc/grub.d/00_header に以下のようなコードがあって、
efi のときは、timeout を GRUB_RECORDFAIL_TIMEOUT で上書きするのだけど、GRUB_RECORDFAIL_TIMEOUT が未定義だと、デフォルトの 30 を代入するコードが生成サれてしまうことが原因。
if [ \$grub_platform = efi ]; then
set timeout=${GRUB_RECORDFAIL_TIMEOUT:-30}
if [ x\$feature_timeout_style = xy ] ; then
set timeout_style=menu
fi
fi