カードをサーチする能力としては同じこの二つのカードですが
どのように使い分ければいいのかと言うことを書いていきます。

まず、それぞれの特徴から

• マスターボール

効果：山札の上から７枚を見てそこから選ぶ。
上から見ることの特徴
　ポケモン図鑑（ＤＰ）・オーキド博士の訪問を使った場合、この効果で戻したカードとは関係なく、サーチを行　うことができる。
　マグカルゴ（ＰＣＧ２）じならし・セレビィexのタイムスキップをした場合、確実に引くことができる。等

• ダークボール

効果：山札の下から７枚を見てそこから選ぶ。
下から見ることの特徴
　ポケモン図鑑・オーキド博士の訪問・銀河団のマーズ等で戻した（戻された）カードをそのまま戻すことができ　る。
　エイパム（ＰＣＧ４）のとりにげを使った場合、確実にエイパムを手札に加えることができる。
　悪いヤドキングのわるじえに関係なく使えます。等

多少なりとも差別化はできるはずです。

それとマスターボールとダークボールでサーチした場合（スタンダードデッキの場合）どの程度の確立で狙ったカードを引くことができるのか。
サイド６枚戦で序盤ということで、欲しいカードが４枚山札にあるとすると
山札は６０?６（サイドカード）?７（最初の手札）ー２（番の最初に引いた数）＝４５枚と仮定すると
７枚の中で１枚でもカードが入っていればいいので
１ー（４５×４４×４３×４２×４１×４０×３９）÷（４１×４０×３９×３８×３７×３６×３５）で
約５０％ってことになりました。
これはモンスターボールとほぼ同じ確立ですが、サイド落ちとか山札圧縮で大きく変化します。
安定感では（と言ってもほぼ運ですが）モンスターボール。安定はしないが場合によってとんでもない確立になるマスターボール・ダークボール。
ただ、欲しいカードが複数枚あり、何かしら手札に加えたい（場にあるなにかを進化させたい・５枚以上入っているホロンエネを回収したい）というときには確立は５０％を超え、かなり効果的なトレーナーカードだと思います。
（ちなみに単デッキで４：４入っていて↑と同じ条件でクイックボールを使うと約５６％になります。

本題に戻ってマスターボールとダークボールですが
上記のように相手のデッキ、自分のデッキによって効果が変わってきます。
ダークボールの特徴であげた銀河団のマーズのことですが、もしポケモン以外のカードを戻された場合
山札の下から７枚の効果ですが、実質１枚は違うカードになるので６枚となります。

より
相手に左右されにくく、特にコンボがないならマスターボール
自分のデッキに下から持ってくることによってリミットがあるならダークボールって感じですかね


その他のボールについて

モンスターボール：コインしだいですがサーチ能力としては最強です。いつでも確立は５０％
クイックボール：ほぼ確実にポケモンと引き換えることができます、デッキ構築・圧縮しだいで確立が変わります。
スーパーボール：確実に山札を圧縮してトレーナーをたねポケモンとひきかえるカード、ただしベンチに置くのでスーパーボール→ホロンポケモン→エネルギーと、スーパーボールをエネと引き換えることはできません
ディアルボール：５０％でたねポケモン一枚、２５％で２枚持ってこれます、スーパーボールとは違い出すことによって使うポケパワーやエネルギーとして使えます。
プレミアボール：レベルＸ専用と無償で引き換え。