プレイヤー自身の分身が、ゲーム中の1ユニットとなり、もう1人の主人公として登場し戦います。
名前・性別、兵種、顔立ち、生い立ち(=能力・成長率の補正)を任意に選択することができます。
普通のユニットと同様に、出撃させるかさせないかを任意で選ぶことができます。(※前日談と16章外伝のみは強制出撃)
ただし、マイユニットはマルスと同様に、戦いで倒れると即ゲームオーバーになってしまうので注意しましょう。

本作品は、1994年に発売されたスーパーファミコン用ソフト｢ファイアーエムブレム 紋章の謎｣のリニューアル作品です。

サブタイトルとして前面に押し出されている「影の英雄」として、プレイヤーが作成するマイユニットが登場。
原作の主人公であり、「光の英雄」であるマルスを支える側近として物語に参加することになります。

そのマイユニットが騎士になるまでを描いたプロローグや、それに関連する物語である特定条件での外伝挿入など章も追加されており、
紋章の謎の第2部だけを切り出したでありながら一作品として十分な量になっています。
その中で、第1部「暗黒竜と光の剣」限定キャラに加え、新暗黒竜においてFC版より復活登場したり、新規追加されたキャラ、
さらにスーパーファミコン・サテラビュー専用の配信ソフト「ファイアーエムブレム アカネイア戦記」限定のオリジナルキャラも復刻登場します。

通信機能ではWi-Fiやワイヤレス通信での専用マップでの対戦･交流･ユニットの貸し借り、オンラインショップ(※ゲーム中のゴールドを使う)、無料の追加配信マップ等が利用可能です。
仲間が倒れても次のマップに引き継げる「カジュアルモード」が追加されていますが、
4段階の難易度調整での最高難易度「ルナティック」はシリーズ最凶の難易度を誇ります。

それぞれの難易度と分離して選択可能。

クラシックモード	戦いで倒れたキャラは死亡、マップを進めても永久に失われる
カジュアルモード	戦いで倒れたキャラは撤退、マップを進めると復帰する

追加シナリオ･特別なアイテムがニンテンドー Wi-Fiコネクションを通じて入手できます。
(シナリオ･アイテム共に3つずつ)
※Wi-Fiコネクションサービスが終了した現在では利用不可能。

「新暗黒竜」同様に、マップ上にセーブポイントが設置されている。
ここでのセーブは章セーブ/中断セーブとは別々で、マップの進行状況をファイルとしてそのまま記録し、
自由に再スタートすることが出来る。

DSワイヤレス通信･ニンテンドーWi-Fiコネクション等に繋げて、通信対戦専用のマップで通信プレイによる対戦が可能。
※Wi-Fiコネクションサービスが終了した現在では、Wi-Fiを利用した対戦は不可能。
※ワイヤレス通信を利用した対戦は今まで通り可能

ゲーム内のお金を使い、オンライン上のショップで武器･道具などが購入可能。
※日時によって品揃えが変わります。
午前9時を境に品ぞろえが変わります。
※Wi-Fiコネクションサービスが終了した現在では利用不可能。