UNIXサーバや、Windowsサーバで、任意のコマンドを実行させたいときに
コマンドを叩くと表現します。

UNIX系で言うと、作成したシェルを実行させたい場合に
シェルを叩くといいます。

例）
「一発シェル叩いて」←何故か「一発」を入れる人多し。

サーバ系のエンジニアはコマンドを「叩く」と表現する場合が多いが、
ネットワークSEはコマンドを「打つ」と表現することが多い。

どちらも言いたいことは同じです。

プログラミングの世界では「APIを叩く（＝呼び出す）」なんて表現もあります。