地球内部の異なる位相空間に存在する世界、ラ・ギアス。
そこには、地球をも凌ぐ永い歴史と文化、高い技術を持った国々が存在していた。

そのラ・ギアスにおける最大の国家、神聖ラングラン王国で発表された一つの予言が、世界を震撼させる。
「世界を滅ぼす魔装の襲来」。信頼性の高いこの予言に対抗するため、ラングランでは人型凡庸兵器「魔装機」の
開発が進められた。魔装機の中でも高位の精霊と契約に成功した４体は、「魔装機神」と呼ばれ、他の魔装機とは
一線を画した力を保有していた。

だが、それ故魔装機神を操るには大量のプラーナが必要となり、ラ・ギアスの人々には扱いが難しくなってしまう。
窮余の一策としてラングランは、地上人を操車として召喚する事を決定する。
その中に、マサキ・アンドーという少年がいた。

そしてマサキは風の魔装機神サイバスターの操者に選ばれる。
破壊神ヴァルクスをめるヴォルクス教団と戦い、ラングランに突如進行してきたシュテドニアス連合との戦い、
ラングラン内部での紛争と、マサキに次々と試練が訪れる。

それらを解決してもまた、再侵攻するシュテドニアスと、火事場泥棒的参戦をするバゴニア共和国との戦いが始まる。
様々な思惑の入り混じったこの戦いを契機に、マサキ達魔装機神一行は、国際的な組織、同盟の下にアンティラス隊と
して再出発、すべての国から独立し、世界的危機を防止する任務に就く…。