●操作育成を行うことで、パイロットに特殊スキルを装備する事が出来ます。
●インターミッションの操作育成にてリストに表示されている特殊スキルをキャラクター名称の下にある□の数だけ特殊スキルを装備する事が出来ます。
●必要スロットは特殊スキルによって異なり、装備スロットはパイロットが一定レベルに達すると増加します。
●一部の特殊スキルは、特定の戦闘回数を満たす事でレベルアップし、性能が上昇します。
格闘 
| スキル名 | 必要 スロット | 内容 | 最大Lv | LvUP 戦闘回数 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 斬り返し | 1 | 確率で発動し、格闘武器による攻撃を無効化する。 | 4 | 30 | 手持武装のない魔装機の操者は習得できない |
| 背水の陣 | 2 | 確率で発動し、格闘武器による敵へのダメージが120%になり 反撃時の防御力が80%になる。 (命中時のみ発生、スキルLvにより確率UP) | 3 | 40 | |
| 底力 | 3 | HPが最大HPの1/4以下になると全ての攻撃がクリティカルになる。 | - | - | |
| 豪腕 | 3 | 格闘武器による攻撃のクリティカル発生率が5%上昇する。 (スキルLvにより発生率UP) | 3 | 50 | |
| 獅子奮迅 | 3 | 格闘武器による攻撃を受けると気力が+1される。 | - | - | |
| 猪突猛進 | 1 | 格闘武器による攻撃時に精霊によるマイナス補正を無効化する。 (属性・格ともに無効化) | - | - | ツレイン専用 暗躍する影クリア後 ただし、研究所が無事な場合のみ |
射撃
| スキル名 | 必要 スロット | 内容 | 最大Lv | LvUP 戦闘回数 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 幻影 | 1 | 確率で発動し、射撃武器による攻撃を無効化する。 | 4 | 30 | |
| 百発百中 | 2 | 確率で発動し、射撃攻撃が必ず命中するが、敵へのダメージが80%になる。 (回避時のみ発生、スキルLvにより発生率UP) | 3 | 40 | |
| 射程延長 | 3 | 射撃武器の射程が+1される。 | - | - | |
| 名手 | 3 | 射撃武器による攻撃のクリティカル発生率が5%上昇する。 (スキルLvにより発生率UP) | 3 | 50 | |
| 意気揚々 | 3 | 射撃武器による攻撃を受けると気力が+1される。 | - | - | |
| 弾薬装填 | 1 | 射撃武器の弾数が+2される。 | - | - | メフィル専用 |
支援
| スキル名 | 必要 スロット | 内容 | 最大Lv | LvUP 戦闘回数 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 気配察知 | 1 | 確率で発動し、側面または背後からの攻撃を正面に向き直って受け、 受けるダメージが前面扱いになる。(スキルLvにより確率UP) | 5 | 20 | 命中・回避率も修正される 発動後その方向を向いたままなので注意！ |
| 修理性能 | 1 | 修理コマンド使用時にHPの回復量が10%増加する。 (スキルLvにより回復量UP) | 3 | 40 | |
| 一攫千金 | 2 | 戦闘による獲得資金が10%増加する。 (スキルLvにより増加率UP) | 3 | 50 | レベル１につき１０％増加（最大３０％） |
| 武運長久 | 2 | 戦闘による獲得経験値が10%増加する。 (スキルLvにより増加率UP) | 3 | 50 | |
| 援護攻撃 | 3 | 援護攻撃が1マップに1回使用可能になる。 (スキルLvにより使用回数UP) | 3 | 40 | |
| 援護防御 | 3 | 援護防御が1マップに1回使用可能になる。 (スキルLvにより使用回数UP) | 3 | 40 | |
| PN回復 | 3 | ターン開始時のPN回復量が2倍になる。 | - | - | |
| 隠密行動 | 1 | 自分の気配察知が必ず発生し、敵の気配察知を無効化する。 | - | - | ギド専用。別途気配察知を付ける必要は無い どきっ☆男だらけの戦闘シーンクリア後 |
| 堅忍不抜 | 2 | 防御時のダメージを50%にする。 | - | - | プレシア・シュウ専用 プレシアは赦されざる者クリア後に習得 |
| 亡魔征討 | 2 | 無属性に対して、攻撃力補正+10％発生する | - | - | ガエン専用 |
ステータス
| スキル名 | 必要 スロット | 内容 | 最大Lv | LvUP 戦闘回数 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 正確無比 | 2 | 命中率が5％上昇する。(スキルLvにより命中率UP) | 4 | 30 | |
| 電光石火 | 2 | 回避率が5%上昇する。(スキルLvにより回避率UP) | 4 | 30 | |
| 縦横無尽 | 2 | 全ての地形の移動コストが1になる。 | - | - | |
| 移動拡大 | 3 | 移動力が+1される。 | - | - | |
| 闘争本能 | 3 | 出撃時に気力が+3される。 | - | - | |
| 免許皆伝 | 5 | 格闘攻撃による敵へのダメージが110%になり回避率が10%上昇、 受けるダメージが前面扱いとなる。(スキルLvによりダメージ・回避率UP) | 3 | 50 | 簒奪者オンガレッド ゲート防衛クリア後 |
| 気炎万丈 | 4 | 格闘武器による敵へのダメージが110%になり命中率が10%上昇する。 (スキルLvによりダメージ・命中率UP) | 3 | 40 | 簒奪者オンガレッド ゲート防衛クリア後 |
| 無念無想 | 4 | 射撃武器による敵へのダメージが110%になり命中率が10%上昇する。 (高度差マイナス補正無効化、スキルLvによりダメージ・命中率UP) | 3 | 40 | 簒奪者オンガレッド ゲート防衛クリア後 |