プライマーの設計方法
■プライマーとは
PCRで使う「遺伝子を増やす材料」の一つです。これの作り方が間違っていると、目的の遺伝子が
増幅されてこないどころか、全く違う遺伝子が
増幅されて実験が成り立たなくなります。
■プライマー設計の注意点
�。圍軛�何が何でもとりあえずＴｍ値です。
ちょくちょくここで調べましょう。
プライマーＴｍ値計算のページ
��3'末端
一般に3'末端は「G/Cを用いずA/Tにしなさい」と
言われていますが、個人的な感触として
少し違う気がします。
ポイントは3'末端の「３塩基」だと思います。
3'末端「最後の塩基」はG/Cの方が良い気がします。
しかし、３塩基全てG/Cだと、必ずと言って良いほど
ミスマッチが起こり、目的の遺伝子でないものが
増幅されてしまう可能性が高いような気がします。
自分は大体「5' ・・・A/T・A/T・G/C 3'」という風に
作成しています。
- GGGG配列を含まない
- プライマーダイマーを作らない
- プライマー自体がヘアピン構造を作らない
- プライマー開始端（3'端）はATを多く、終止端（5'端）はCGを多く、最終端（5'末端）はAもしくはT
2006年10月12日(木) 09:43:38 Modified by psyberformula