パソコンにインストールだけの気軽なボランティア!BOINC国内チーム、Protein structural analysis room Japan 。そして、国内からの医学・生物系プロジェクトの活性化へ向かって!

(注意!:ここに書かれている内容は該当するプロジェクトサイトを翻訳し分かりやすく書いたものであり、プロジェクト主体の意図するものと若干表現が異なることもありますのでご了承ください)


■プロジェクト名

■プロジェクト運用主体

ワシントン大学 (アメリカ・シアトル)
http://www.washington.edu/

■使用プラットフォーム 

 (Last modified 11:29 PM UTC, December 15 2005)
Windows
 5.2.13 Recommended version
 4.45  Older version
Macintosh OS X (10.3 or higher)
 5.2.13 Recommended version (standard GUI)
 5.2.13 Recommended version (simple GUI)
 5.2.13 Unix command-line version
 4.43  Older version (standard GUI)
 4.43  Older version (Unix command-line version)
 4.43.4 Older version (simple GUI)
Linux/x86
 5.2.13 Recommended version
 4.43  Older version
Solaris/SPARC
 4.43  Recommended version
 4.19  Older version

■推奨環境

CPU : Pentium 500MHz以上
メモリ : 512MB以上

■Rosetta@homeとは?

Rosetta@homeとは?
Rosetta@homeは、世界中のインターネットに接続したコンピュータを使うBOINCによる科学研究プロジェクトです。蛋白質立体構造ならびに蛋白質-蛋白質間と蛋白質-リガンド相互作用を予測し設計することを目的とします。私たちの最終的なゴールは、正確に蛋白質立体構造とその複合体を予測し設計する手法を確立し、HIV/エイズ、ガン、マラリア、アルツハイマーなどのような人間の難病に対する治療法に一役買うことであります。

目的達成するためには、私たちはあなたがたBOINCユーザの協力を必要とします。
現在私たちは、正確に蛋白質立体構造とその複合体を予測し設計する一歩手前に差し掛かっていると考えています。しかし、開発されつつ手法を証明するためには、世界最大のスパコンをも凌ぐ莫大なコンピューティング資源をシュミレーションに必要としています。
これは、あなたがたのようなボランティアから、総体的な努力を通して成し遂げるほかありません。
Rosetta@homeに参加していただくあなたの力が、立ちはだかる難病と戦うために新たな蛋白質を設計しようとする私たちの研究を後押ししてくれるでしょう!

ぜひとも私たちの研究を理解していただき、参加してほしいと思うのです!
なぜ蛋白質立体構造とその複合体を予測し設計する必要があるのですか?
蛋白質は分子によって構成された最も小さな機械であり、生命の基礎部品であります。
その機能と相互作用は、生体内での生物学的フレームワークやプロセスに非常に重要な役割を果たしています。

蛋白質はその立体構造をもって初めて機能を持つのですが、まず最初にアミノ酸の長い連鎖として合成されます。そして蛋白質は複雑な球形の構造に折り重なるまで、確実に機能することができません。この複雑な折り畳み(Folding)のプロセスを決定する原理原則を理解し予測することは、生物学でのたいへん大きな問題のうちの1つであります。
蛋白質を折り重ね、他の分子と相互に作用する原理原則を理解し、その蛋白質の機能を決定することが可能となれば、最終的に新薬発見や難病に対する治療法にいたるものと考えられます。

現在では蛋白質の立体構造を知るため、数百万ドルもの資金がX線結晶学の下で核磁気共鳴(NMR)を使用し構造解析するためだけに費やされています。これがコンピュータ上でシュミレーションできるならば、それはコストを計り知れぬほど下げることができ、まさに生物学に革命をもたらすのです。

蛋白質立体構造とその複合体をも設計することは、極めて決定的に科学的かつ実際的な利益を提供してくれるでしょう。
将来の計画
私たちの手法は、CASPとCAPRI実験でテストされており、私たちの公的に利用可能な蛋白質構造予測サーバ(Robetta)で実装されます。そして、それが無料で世界中から何百人もの権威ある数々の科学者によって現在使用されており、最近のCASP実験では自動構造予測サーバのうち最高の1台であることが証明されました。数多くのRosetta@home参加ボランティアが今後も増えるならば、私たちもRobettaサーバによる構造予測の長い待ち期間を減らし、そして現在まだ提供することができていない数多くの研究にその門戸をさらに増やしていくことを可能にする計算資源を提供するため、今後もこのRosetta@homeを運用してゆく予定であります。

RobettaとRosetta@homeが統合することにより、あなたがたのようなBOINCユーザ(ボランティア)は私たちの研究に対し協力してもらえるだけでなく、ガン、SARS、HIV/エイズ、マラリア、その他数多く立ちはだかる生物医学的な研究に携わる世界中の科学者の努力に対し直接協力してくれることが可能となるのです!

Rosetta@homeに関するFAQ

David Baker教授のRosetta@home日誌

スクリーンショット


左上には蛋白質立体構造を実際に予測したものがリアルタイムで表示されています。

このページへのコメント

XYYZhc Major thanks for the article.Really looking forward to read more. Want more.

0
Posted by check it out 2014年01月21日(火) 16:02:21 返信

d6PkBS Really informative blog article.Really looking forward to read more. Fantastic.

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Posted by tips about seo 2013年12月20日(金) 08:00:36 返信

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