T1構造画像を用いて normalize をおこなうと、脳実質以外の構造（脳膜）が影響してうまくいかないときがある。その場合には、脳実質だけを抽出したイメージを作成して、maskとして用いれば、normalizeがうまくいくことがある。

脳実質だけのイメージは、例えばMRIcroのbet機能を使えば、作成することが出来る。