ラグナに敗北後、統制機構に回収され魔操船内にて治療を受けていたが、ラグナを追うため脱出する。
実はテルミの策略により、ジンが脱出しやすいようにあえて魔操船をカグツチ近辺で留めていた。
脱走した彼を反逆者とするための罠であり、ジンも気付いてはいたが、そんなことを気にせず前に進んでいった。
脱出した場所からカグツチへと向かう途中で獣兵衛と出会い、自らが持つ「秩序の力」と、
ユキアネサによる精神支配に気付く。
そしてバングらと戦う中で自らの秩序の力に目覚め、ユキアネサを支配することに成功した。
また秩序の力によって今のカグツチが確率事象下にあること、別の事象でツバキに殺されたことなども知った。
世界を護るため、そしてアマテラスを殺すために窯に向かったミュー(ノエル)の足止めをする。
その後、ツバキがテルミらに操られていること、帝がサヤであったことを知る。
イカルガの真実を知るため、ツバキを救うため、獣兵衛の助言を受けてイカルガを目指すことに。