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プロジェクトのファイルリソースの横などに[M][A][?]などのアイコンが表示される
場合があります。

これは何を意味しているのか？

[M]

変更が加えられたファイル

[A]

追加されたファイル

[?]

ソースコード管理外およびバージョン管理外

[M][A]は特に問題ないのですが[?]はてなマークが表示されるのは修正しましょう



はてなマーク修正方法

UtilityArea → Show the file inspector と進み一番下にスクロールすると
Status:Unversioned [Add]と表示されています。日本語訳すると
状態：バージョン管理外 [追加]　です。

用はこのファイルはバージョン管理外なので修正するには追加を押せとのこと。
Addを押せばはてなマークは消えて修正されるはずです
これで修正されないなら git cleanが必要かもしれません