メニューのファイル->設定フォルダーを開くで開いたところの
用途に応じて下記のフォルダーを、別の場所にコピーしておくことでバックアップすることができます

親のフォルダー　NicoView2\

本体設定のバックアップ	conf
プラグインの設定	plugins
ログ、こてはんとか	data
サムネ	IconCache

サムネは、運営BSPサムネ機能を使わないのであれば特に必要なし